====== Pré-analyse: Transformer les fichiers d'alignement en valeurs discrètes d'expression ======

===== Introduction =====

  * Plus à venir...

===== Protocoles utilisant les fichiers de lectures =====

Ces protocoles utilisent les fichiers directement obtenus des séquenceurs sans alignement préalable. Noter cependant qu'i faut bien nettoyer les fichiers bruts pour retirer les artéfacts découlant des séquences de mauvaise qualité.

  * [[:fr:impilopedia:genex:rnaseq:countsfromfastq:counts_salmon|En utilisant l'application Salmon]]

===== Protocoles utilisant les fichiers d'alignements =====
Ces protocoles utilisent les fichiers d'alignement obtenus avec un outil comme ''hisat 2'' ou ''star''. Noter cependant qu'i faut bien nettoyer les fichiers bruts pour retirer les artéfacts découlant des alignements de mauvaise qualité.

  * [[:fr:impilopedia:genex:rnaseq:countsfromreads:counts_easyrnaseq|En utilisant le package ''easyRNASeq'' de Bioconductor]]
  * [[:fr:impilopedia:genex:rnaseq:countsfromreads:counts_featurecounts|En utilisant la fonction featureCounts du package ''Rsubread'' de Bioconductor]]
  * [[:fr:impilopedia:genex:rnaseq:countsfromreads:counts_stringtie|En utilisant l'application Stringtie]]