====== Contrôle de la qualité des données d'expression génique ======

===== Introduction =====

Les plateformes de criblage de l'expression génique à haut débit sont des techniques puissantes mais aussi sensibles à plusieurs éléments de variabilité, autant de nature biologique que de nature technique:

=== Variabilité biologique ===

  * Variations génétiques
  * Variations dans le prélèvement du matériel
  * Abondance des ARNm obtenus

=== Variabilité technique ===

  * Préparation des ADNc à partir des ARNm isolés
  * Incorporation de fluorophores
  * Qualité des puces
  * Hybridation
  * Acquisition des images

Pour toutes ces raisons, il est souhaitable de vérifier la qualité des données obtenues avant de procéder à la normalisation et l'analyse de l'expression différentielle. Des réplicats ayant trop de variations vont nécessairement induire des problèmes à des étapes ultérieures; il est donc nécessaire de les identifier tôt dans le processus.

===== Affymetrix: contrôle de la qualité =====

==== Approche GUI ====

  * Plus à venir: utilisation de RMAExpress pour les graphes NUSE et RLE
==== Approche CLI ====

  * [[.:affy_simpleaffy|affy() et simpleaffy()]]
  * [[.:affy_affyqcreport|affyQCReport()]]
  * [[.:affy_affyplm_qc|affyPLM()]]
  * [[.:affy_aqm_affy|arrayQualityMetrics()]]

===== Agilent: Contrôle de la qualité =====

  * Plus à venir...

===== Illumina: Contrôle de la qualité =====

  * Plus à venir...

==== Approche CLI ====

  * [[.:illumina_aqm|arrayQualityMetrics()]]
  * [[.:illumina_lumi|lumi()]]
===== Nimblegen: Contrôle de la qualité =====

  * Plus à venir...