====== Normalisation et sommation des données provenant des puces d'expression ======

===== Introduction =====

La normalisation est une procédure nécessaire afin de minimiser les variations expérimentales inter- ou intra-puces dans une expérience. La sommation est le traitement mathématique des différents signaux provenant des sondes pour un gène donné afin de les représenter par une seule valeur. Par exemple, un ''probeset'' Affymetrix est une collection de sondes PM et MM qui chacune procure un signal que l'algorithme de sommation traitera pour ne produire qu'une seule valeur d'expression pour ce ''probeset''.


===== Puces par dépôt mécanique: normalisation et sommation =====

==== Approche GUI ====

  * Plus à venir: utilisation de MIDAS

==== Approche CLI ====

  * Plus à venir...

===== Affymetrix: normalisation et sommation =====

==== Approche GUI ====

  * Plus à venir: utilisation de RMAExpress

==== Approche CLI ====

  * [[.:affy_threestep|affyPLM via la méthode threestep()]] (MAS5 et RMA/GCRMA)

===== Agilent: normalisation et sommation =====

==== Approche GUI ====

  * Plus à venir...

==== Approche CLI ====

  * Plus à venir...


===== Illumina: normalisation et sommation =====

==== Approche GUI ====

  * Plus à venir: en mode recherche d'outils...

==== Approche CLI ====

  * [[fr:impilopedia:genex:microarrays:norm:illumina_lumi|via le package lumi()]]

===== Nimblegen: normalisation et sommation =====

==== Approche GUI ====

  * Plus à venir...

==== Approche CLI ====

  * Plus à venir...