====== Les sources de données en bio-informatique ======

===== Introduction =====

  * À venir...

===== Bases de données pour installation locale =====

  * À venir...

===== Bases de données pour consultation via le Web =====

Une multitude de bases de données accessible via l'Internet permettent des interactions directes et interactives avec l'usager via un fureteur Web. Le fureteur présente une page qui devient l'outil d'exploration et d'exploitation des données disponibles.

==== Exemples ====

  * [[fr:impilopedia:datasource:ncbi:via_web|NCBI Entrez]]
  * [[fr:impilopedia:datasource:ensembl:via_web|Ensembl]]
  * Uniprot
  * Plus à venir…
===== Accès programmatiques à diverses sources de données accessibles via l'Internet =====

==== Accès "semi"-programmatique ====

Ce que nous voulons dire par "semi"-programmatique: l'usager doit utilisé un interface textuel pour faire ses requêtes et exploiter ses données dans une application locale. Donc, il doit apprendre un certain formalisme mais n'a pas besoin de gérer l'accès et le formatage sous-jacents, qui sont sous la responsabilité de l'application.

  * [[:fr:impilopedia:datasource:ncbi:entrez_rentrez|Comment exploiter les données contenues sur NCBI Entrez grâce au module rentrez de Bioconductor/R?]]
  * [[:fr:impilopedia:datasource:ensembl:biomart_biomart|Comment exploiter les données contenues sur Ensembl via Biomart grâce au module bioMaRt de Bioconductor/R?]]
  * Plus à venir…

==== Accès complètement programmatique ====

Ici, on parle d'accès en utilisant un interface API disponible sur la ressource documentaire et un langage de programmation qui doit gérer la connexion à cette ressource, les requêtes ainsi que le données reçu en retour. Donc, l'usager doit construire un script dans un tel langage qui sera responsable de tout. 

  * [[:fr:impilopedia:datasource:ncbi:entrez_prog|Comment exploiter les données contenues sur NCBI Entrez via un language de programmation?]]
  * [[:fr:impilopedia:datasource:ensembl:biomart_prog|Comment exploiter les données contenues sur Ensembl via Biomart et un langage de programmation?]]
  * [[:fr:impilopedia:datasource:mygene:mygene_prog|Comment exploiter les données contenues sur Mygene.info?]]