Cette page est en lecture seule. Vous pouvez afficher le texte source, mais ne pourrez pas le modifier. Contactez votre administrateur si vous pensez qu'il s'agit d'une erreur. ====== Processus d'installation des applications bio-informatiques retrouvées dans Impilo ====== Impilo a comme but premier de rendre disponible sur un seul serveur le plus grand nombre possible d'applications en bio-informatique tout en associant ces applications à une documentation pertinente pour une utilisation optimale et pour l'enseignement. Cette liste est mise à jour à chaque année, avant le début de la session d'automne; rappelez-vous que nous sommes avant tout des enseignants ;-) ===== Installation automatisée via Ansible ===== * Une suite de scripts Ansible permettant l'installation automatique de l'environnement Impilo est maintenant disponible sur GitHub! * Comment faire? En partant d'une machine virtuelle Ubuntu server fraîchement créée, suivez les étapes suivantes tel que décrit à partir d'ici: * Étape 1: assurer vous d'être à jour sur votre MV: <sxh bash> % sudo apt update && sudo apt upgrade </sxh> * Étape 2: installer Ansible via ''apt'': <sxh bash> % sudo apt install ansible </sxh> * Étape 3: télécharger les scripts Ansible via ''git'': <sxh bash> % git clone https://github.com/foisys/impilo-ansible </sxh> * Étape 5: exécuter le fichier ''standalone.yml'' de la manière suivante: <sxh bash> % cd ./impilo-ansible % ansible-playbook –ask-become-pass -i inventory standalone.yml </sxh> * Étape 6: aller vous occuper de votre vie! Ça va prendre un certain temps… Cette procédure est un //work in progress// mais a été testé et fonctionne bien sur une VM créée par VirtualBox et sur un serveur Raspberry Pi 4B 8Gb ainsi qu'un serveur Raspberry Pi 5 16Gb:-) ===== Applications d'exploration génomique ===== * [[.:bin_app_repository:artemis|Artemis]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:igv|Integrated Genome Viewer]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Applications multi-fonction ===== * [[.:bin_app_repository:emboss|EMBOSS / EMBASSY / Jemboss]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Alignements pairwise ===== * [[.:bin_app_repository:gepard|GEPARD]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:blast|BLAST]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:fasta|FASTA]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Alignements multiple ===== * [[.:bin_app_repository:clustalw|CLUSTALW]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:clustalomega|CLUSTAL OMEGA]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:mafft|MAFFT]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:muscle3|MUSCLE]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:tcoffee|T-COFFEE]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:aliview|AliView]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:jalview|JalView]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Outils pour annotation de gènes ===== * [[.:bin_app_repository:aragorn|Aragorn]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:barrnap|Barrnap]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:hmmer2|HMMER2]] / [[:fr:install:bin_app_repository:hmmer3|HMMER3]] <badge success>22.04 A23</badge> * [[.:bin_app_repository:infernal|Infernal]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:prodigal|Prodigal]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:prokka|Prokka]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:trnascan|tRNAScan-SE]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Analyse structurale des acides nucléiques ===== * [[.:bin_app_repository:rnamotif|RNAMotif]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:vienna|ViennaRNA Package]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Transcriptomique ===== * [[.:bin_app_repository:gffcompare|GFFcompare]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:gffread|GFFread]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:rsem|RSEM]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:salmon|Salmon]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:stringtie|StringTie]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:subread|Subread]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Modélisation moléculaire ===== * [[.:bin_app_repository:jchempaint|JChemPaint]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:pymol|Pymol]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Imagerie scientifique ===== * [[.:bin_app_repository:imagej|ImageJ]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Biostatistiques et analyses quantitatives ===== * [[.:bin_app_repository:r|R]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:bioconductor|Bioconductor]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Design et gestion d'amorces ===== * [[.:bin_app_repository:primer3|Primer3]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs ===== * [[.:bin_app_repository:bowtie2|Bowtie 2]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:hisat2|HISAT 2]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:spades|SPAdes]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:trinity|Trinity]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Utilitaires ===== * [[.:bin_app_repository:bedtools|BEDTools]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:fastp|FastP]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:fastqc|FastQC]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:jellyfish|Jellyfish]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:picard|Picard]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:qualimap|Qualimap]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:samtools|SAMtools]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:seqmonk|SeqMonk]] <badge success>24.04 A25</badge> * [[.:bin_app_repository:trimmomatic|Trimmomatic]] <badge success>24.04 A25</badge> ===== Bases de données: Utilitaires d'extraction de données ===== * [[.:bin_app_repository:edirect|NCBI Entrez Direct]] * [[.:bin_app_repository:sratoolkit|NCBI SRA Toolkit]] <badge success>24.04 A25</badge>