Impilo Central

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====== Installation de tRNAscan-SE 2.0.12 ======

===== Librairies additionnelles =====

Aucune librairie additionnelle est nécessaires. Cependant, il vous faudra avoir installer [[fr:install:bin_app_repository:infernal|Infernal]] pour ne pas avoir d'erreur dans l'exécution...


===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de tRNAscan-SE à partir du code source:

  * Il faut aller chercher l'archive du code source et compiler l'application sous ''/opt/bio/sources''.
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O http://trna.ucsc.edu/software/trnascan-se-2.0.12.tar.gz
% sudo tar -zxvf trnascan-se-2.0.12.tar.gz
% sudo rm -rf trnascan-se-2.0.12.tar.gz
</sxh>

  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./tRNAscan-SE-2.0
% sudo chmod -R 755 ./tRNAscan-SE-2.0
</sxh>

  * Il semble que certaines erreurs se soit glissées dans la création de l'archive pour la distribution: le répertoire ''lib/tRNAscanSE'' n'est pas lisible pour tous, ce qui posera des problèmes lors de l'exécution du script. Donc, corrigeons:

<sxh bash>
% cd ./tRNAscan-SE-2.0
% sudo chmod o+x ./lib/tRNAscanSE
</sxh>

  * La compilation se fait facilement en remontant d'un niveau, avec les commandes usuelles:
<sxh bash>
% sudo ./configure --prefix=`pwd` && sudo make
</sxh>

  * On deux bugs à régler: un dans le script ''tRNAscan-SE'' où le chemin pour se rendre aux librairies qui sont sous ''./lib/tRNAScanSE'' est mal écrit et dans ''tRNAScan-SE.conf'' où on a aussi un problème de chemin pour se rendre aux fichiers de modèles de gènes...

<sxh bash>
% sudo nano ./tRNAscan-SE
# Il faut changer la ligne 23:
use lib "/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib/tRNAscan-SE";
# Pour cette ligne:
use lib "/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib";
% sudo nano ./tRNAscan-SE.conf
# Il faut changer la ligne 6:
lib_dir: /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib/tRNAscan-SE;
# Pour cette ligne:
lib_dir: /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib;
</sxh>

  * On a un dernier problème avec ''tRNAscan-SE''... C'est en fait un script Perl qui encapsule le fonctionnement des applications qui sont sous ''./bin'' et pourtant il se trouve un niveau plus haut, ce qui n'est pas nécessairement la manière de faire lorsqu'on installe les applications sous ''./bin''. Donc, on crée un lien symbolique dans le répertoire ''./bin'':
<sxh bash>
% sudo ln -s /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/tRNAscan-SE /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/bin/tRNAscan-SE 
</sxh>

  * Il faut faire de même pour le fichier ''tRNAScan-SE.conf'':
<sxh bash>
% sudo ln -s /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/tRNAscan-SE.conf /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/bin/tRNAscan-SE.conf 
</sxh>

  * Il faut finalement modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour que la ligne de commande puisse trouver l'application en y ajoutant ces lignes:
<sxh bash>
#
# tRNAscan-SE 2.0 specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/bin
</sxh>