Impilo Central

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====== Instruction d'installation de SRA Tools 3.2.1 ======

===== Librairies additionnelles =====

Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:

  * ''flex''
  * ''bison''
  * ''cmake''
  * ''doxygen''
  * ''git''
  * ''libxml2-dev''

<sxh bash> 
% sudo apt install -y bison cmake flex git lbxml2-dev 
</sxh>

===== Procédure =====

Pour installer SRA Tools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:

  * On doit passer par Github pour obtenir les deux répertoires de code source nécessaire:
<sxh bash>
#
# O ose place dans /opt/bio/sources
#
% sudo curl -L -o ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz https://github.com/ncbi/ncbi-vdb/archive/refs/tags/3.2.1.tar.gz
% sudo curl -L -o sra-tools-3.2.1.tar.gz https://github.com/ncbi/sra-tools/archive/refs/tags/3.2.1.tar.gz
</sxh>

  * On décompresse les deux archives téléchargées:
<sxh bash>
% sudo tar -zxvf ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz
% sudo rm -rf ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf src-tools-3.2.1.tar.gz
% sudo rm -rf sra-tools-3.2.1.tar.gz
</sxh>
  * On s'assure que ces répertoires appartiennent à ''root'' et que les permissions sont à ''755'':
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./ncbi-vdb-3.2.1
% sudo chmod 755 ./ncbi-vdb-vdb-3.2.1
% sudo chown -R root:root ./sra-tools-3.2.1
% sudo chmod 755 ./sra-tools-3.2.1
</sxh>

  * On commence par ''ncbi-vdb''... On suit la valse classique:
<sxh bash> 
% cd ./ncbi-vdb-3.2.1
% sudo ./configure --prefix=`pwd` --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
</sxh>

  * Ensuite avec SRA Tools, c'est pas mal pareil:
<sxh bash>
% cd ../sra-tools-3.2.1
% sudo ./configure --prefix=`pwd` --with-ncbi-vdb-prefix=/opt/bio/sources/ncbi-vdb-3.2.1 --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
</sxh>

  * Pour rendre les utilitaires ''sra-tools'', il faut faire ceci modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes:
<sxh bash> 
# 
# SAMTools specific environment variable 
# 
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/sra-tools-3.2.1/bin 
</sxh>