Impilo Central

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====== Installation de RSEM 1.3.3 ======

===== Librairies additionnelles =====

  * Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de RSEM à partir du code source:

    * L'archive du code source a été téléchargé du site web sous ''/opt/bio/sources/'' et décompressé.
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o rsem.v1.3.3.tar.gz https://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.3.tar.gz
% sudo tar -zxvf rsem.v1.3.3.tar.gz
% sudo rm -rf rsem.v1.3.3.tar.gz
</sxh>

    * Le dossier ''RSEM-1.3.3'' devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./RSEM-1.3.3
% sudo chmod 755 ./RSEM-1.3.3
</sxh>

    * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''RSEM-1.3.3'', la compilation se fait simplement:

<sxh bash>
% cd ./RSEM-1.3.3
% sudo make && sudo make install DESTDIR=`pwd`
</sxh>

    * Il faut éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en y ajoutant ces lignes à la toute fin:

<sxh bash>
#
# RSEM specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/RSEM-1.3.3
</sxh>