Impilo Central

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====== Installation de Jellyfish 2.3.1 ======

===== Libraries additionnelles =====

Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.

===== Procédure =====

  * Il faut aller chercher le code source sur GitHub:
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.3.1/jellyfish-2.3.1.tar.gz
% sudo tar -zxvf jellyfish-2.3.1.tar.gz
% sudo rm -rf jellyfish-2.3.1.tar.gz
</sxh>

  * Il faut s'assurer que le répertoire ''jellyfish-2.3.1'' appartient à ''root'' avec les bonnes permissions:
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./jellyfish-2.3.1
% sudo chmod 755 ./jellyfish-2.3.1
</sxh>

  * On procède à la compilation grâce au ballet habituel:
<sxh bash>
% cd jellyfish-2.3.1
% sudo ./configure --prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
</sxh>

  * Pour accéder au programme, on modifie le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y ajouter les lignes suivantes:
<sxh bash>
#
# Bedtools specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/jellyfish-2.3.1/bin
</sxh>