Impilo Central

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====== Installation de GFFcompare 0.12.6 ======

===== Librairies additionnelles ===== 

  * Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire

===== Procédure =====

Voici la procédure suivi pour l'installation de GFFcompare à partir du code source:

  * L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -o gffcompare-0.12.6.tar.gz https://github.com/gpertea/gffcompare/archive/refs/tags/v0.12.6.tar.gz
% sudo tar -zxvf gffcompare-0.12.6.tar.gz
% sudo rm -rf gffcompare-0.12.6.tar.gz
</sxh>

  * Le dossier créé devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.

<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./gffcompare-0.12.6
% sudo chmod -R 755 ./gffcompare-0.12.6
</sxh>

  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''/opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6'', la compilation se fait simplement:

<sxh bash>
% cd ./gffcompare-0.12.6
% sudo make all
</sxh>

  * Apres compilation, je crée un lien symbolique dans un nouveau répertoire appelé ''/opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/bin'':
<sxh bash>
% sudo mkdir ./bin 
% sudo ln -s /opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/gffcompare /opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/bin/gffcompare
% sudo ln -s /opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/trmap /opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/bin/trmap
</sxh>

  * Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, il faut modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en y ajoutant les lignes suivantes:
<sxh bash>
#
# GFFcompare specific environment variable
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/gffcompare-0.12.6/bin
</sxh>