Impilo Central

Cette page est en lecture seule. Vous pouvez afficher le texte source, mais ne pourrez pas le modifier. Contactez votre administrateur si vous pensez qu'il s'agit d'une erreur.

====== Installation de FastQC 0.12.1 ======

===== Libraries additionnelles =====

FastQC nécessite une installation Java, déjà installé.

===== Procédure =====

  * Il faut aller chercher le code source:
<sxh bash>
% cd /opt/bio/sources
% sudo curl -L -O https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip
% sudo tar -zxvf fastqc_v0.12.1.zip
% sudo rm -rf fastqc_v0.12.1.zip
</sxh>

  * Il faut s'assurer que le répertoire ''bedtools2'' appartient à ''root'' avec les bonnes permissions:
<sxh bash>
% sudo chown -R root:root ./FastQC
% sudo chmod 755 ./FastQC
</sxh>

  * Pour accéder au programme ''fastqc'' , on modifie le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y ajouter les lignes suivantes:
<sxh bash>
#
# Bedtools specific environment variables
#
export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/FastQC
</sxh>