Cette page est en lecture seule. Vous pouvez afficher le texte source, mais ne pourrez pas le modifier. Contactez votre administrateur si vous pensez qu'il s'agit d'une erreur. ====== Installation de Bedtools 2.31.1 ====== ===== Libraries additionnelles ===== Les librairies suivantes sont nécessaires afin de compiler EMBOSS et les applications EMBASSY avec succès: * ''libbz2-dev'' * ''python-is-python3'' <sxh bash> % sudo apt install --no-install-recommends libbz2-dev python-is-python3 </sxh> ===== Procédure ===== * Il faut aller chercher le code source sur GitHub: <sxh bash> % cd /opt/bio/sources % sudo curl -L -o bedtools2.v2.31.1.tar.gz https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/refs/tags/v2.31.1.tar.gz % sudo tar -zxvf bedtools2.v2.31.1.tar.gz % sudo rm -rf bedtools2.v2.31.1.tar.gz </sxh> * Il faut s'assurer que le répertoire ''bedtools2'' appartient à ''root'' avec les bonnes permissions: <sxh bash> % sudo chown -R root:root ./bedtools2-2.31.1 % sudo chmod 755 ./bedtools2-2.31.1 </sxh> * Avant de continuer, il nous faut ajouter une ligne dans le fichier est ''bedtools2-2.31.1/src/utils/general/ParseTools.h'' qu'on ouvre avec "nano" pour faire la modification: <sxh bash> % cd ./bedtools2-2.31.1 % nano ./src/utils/general/ParseTools.h # # On change les lignes suivantes: # #include <cstring> //for memset #include <limits> #include <string> #include <algorithm> #include <vector> #include "string.h" #include <cstdio> #include <cstdlib> # # ... pour ceci: # #include <cstring> //for memset #include <limits> #include <string> #include <algorithm> #include <vector> #include "string.h" #include <cstdio> #include <cstdlib> #include <cstdint> </sxh> * On procède à la compilation grâce à la commande ''make''. <sxh bash> % cd bedtools2-2.31.1 % sudo make </sxh> * Pour accéder au programme, on modifie le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y ajouter les lignes suivantes: <sxh bash> # # Bedtools specific environment variables # export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/bedtools2-2.31.1/bin </sxh>