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fr:install:what_is_needed [2025/01/12 10:01] – [Annexe: Projet Clafoutis] foisysfr:install:what_is_needed [2025/01/12 10:03] (Version actuelle) – [Méthode 1: Serveur dédié] foisys
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       * Au moins 8 Gb de mémoire vive et si possible, de 16 à 32 Gb. Un conseil: inspectez les spécifications de la carte mère pour vérifier la capacité maximale et remplissez au maximum selon votre budget.       * Au moins 8 Gb de mémoire vive et si possible, de 16 à 32 Gb. Un conseil: inspectez les spécifications de la carte mère pour vérifier la capacité maximale et remplissez au maximum selon votre budget.
       * La capacité d'accueillir deux disques durs sur le même bus de connexion (ie: SATA) pour créer un volume RAID1 pour assurer le fonctionnement du serveur (Note: un RAID1 n'est pas une sauvegarde, je sais, mais ça c'est un autre problème…). Idéalement, les deux disques devraient être les plus gros que votre budget pourra se permettre: la bio-informatique est gourmande en espace de stockage de données.       * La capacité d'accueillir deux disques durs sur le même bus de connexion (ie: SATA) pour créer un volume RAID1 pour assurer le fonctionnement du serveur (Note: un RAID1 n'est pas une sauvegarde, je sais, mais ça c'est un autre problème…). Idéalement, les deux disques devraient être les plus gros que votre budget pourra se permettre: la bio-informatique est gourmande en espace de stockage de données.
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 ==== Annexe: Projet Clafoutis ==== ==== Annexe: Projet Clafoutis ====
  
   * La bio-informatique n'est pas une aventure dans laquelle d'ordinaire on entre sans être bien équipé… Tel que mentionné ci-haut, plus on a de tout, mieux c'est ;-) Mais est-ce vraiment //toujours//  le cas? Depuis plusieurs années, tout un éco-système d'ordinateurs minuscules, la plupart pas plus grand qu'une carte de crédit, sont apparus et commencent à occuper de plus en plus de place dans plusieurs applications. Jusqu'au printemps 2020, ils étaient cependant limités dans leur performance, surtout au niveau de la mémoire, mais l'écosystème a énormément évolué dans tous les domaines. Quels sont les critères pour faire votre choix?   * La bio-informatique n'est pas une aventure dans laquelle d'ordinaire on entre sans être bien équipé… Tel que mentionné ci-haut, plus on a de tout, mieux c'est ;-) Mais est-ce vraiment //toujours//  le cas? Depuis plusieurs années, tout un éco-système d'ordinateurs minuscules, la plupart pas plus grand qu'une carte de crédit, sont apparus et commencent à occuper de plus en plus de place dans plusieurs applications. Jusqu'au printemps 2020, ils étaient cependant limités dans leur performance, surtout au niveau de la mémoire, mais l'écosystème a énormément évolué dans tous les domaines. Quels sont les critères pour faire votre choix?
-    * Critère no. 1: la performance brute du processeur. La fondation Raspberry Pi a mis en marché le [[https://www.raspberrypi.org/products/raspberry-pi-4-model-b/|Raspberry Pi 4B]] et surtout le [[https://www.raspberrypi.com/products/raspberry-pi-5/|Raspberry Pi 5]] qui ont des performances respectables. Un autre option est un ordinateur équipé d'un processeur de la famille Rockchip RK3588 avec 6 à 8 coeurs de calcul comme les [[https://radxa.com/products/rock5/|Radxa de la famille ROCK5]].+    * Critère no. 1: la performance brute du processeur. La fondation Raspberry Pi a mis en marché le [[https://www.raspberrypi.com/products/raspberry-pi-5/|Raspberry Pi 5]] qui a des performances respectables. Un autre option est un ordinateur équipé d'un processeur de la famille Rockchip RK3588 avec 6 à 8 coeurs de calcul comme les [[https://radxa.com/products/rock5/|Radxa de la famille ROCK5]].
     * Critère no. 2: la quantité de mémoire disponible. Pour faire des tâches complexes et lourdes comme des alignements de séquences NGS, 8Gb est un strict minimum. Par exemple, un alignement HISAT2 avec un index créé en utilisant une liste de sites dépistage et d'exons se fait avec 8Gb; cependant, si vous jouez les infos de polymorphisme (SNP et haplotypes), il vous faudra un minimum de 16Gb...     * Critère no. 2: la quantité de mémoire disponible. Pour faire des tâches complexes et lourdes comme des alignements de séquences NGS, 8Gb est un strict minimum. Par exemple, un alignement HISAT2 avec un index créé en utilisant une liste de sites dépistage et d'exons se fait avec 8Gb; cependant, si vous jouez les infos de polymorphisme (SNP et haplotypes), il vous faudra un minimum de 16Gb...
     * Critère no. 3: le soutien logiciel. Nous avons un parti pris pour la nécessité d'utiliser une distribution Linux grand public comme Ubuntu; si vous vous sentez aventureux, Armbian est un point de départ pour ce qui suit dans les pages à venir (une nécessité si vous allez dans la voie Radxa).     * Critère no. 3: le soutien logiciel. Nous avons un parti pris pour la nécessité d'utiliser une distribution Linux grand public comme Ubuntu; si vous vous sentez aventureux, Armbian est un point de départ pour ce qui suit dans les pages à venir (une nécessité si vous allez dans la voie Radxa).