Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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+++ fr:install:what_is_needed [2025/05/08 16:42] (Version actuelle) – [Annexe: Projet Clafoutis] foisys
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       * Au moins 8 Gb de mémoire vive et si possible, de 16 à 32 Gb. Un conseil: inspectez les spécifications de la carte mère pour vérifier la capacité maximale et remplissez au maximum selon votre budget.
       * La capacité d'accueillir deux disques durs sur le même bus de connexion (ie: SATA) pour créer un volume RAID1 pour assurer le fonctionnement du serveur (Note: un RAID1 n'est pas une sauvegarde, je sais, mais ça c'est un autre problème…). Idéalement, les deux disques devraient être les plus gros que votre budget pourra se permettre: la bio-informatique est gourmande en espace de stockage de données.
 ==== Annexe: Projet Clafoutis ====
   * La bio-informatique n'est pas une aventure dans laquelle d'ordinaire on entre sans être bien équipé… Tel que mentionné ci-haut, plus on a de tout, mieux c'est ;-) Mais est-ce vraiment //toujours//  le cas? Depuis plusieurs années, tout un éco-système d'ordinateurs minuscules, la plupart pas plus grand qu'une carte de crédit, sont apparus et commencent à occuper de plus en plus de place dans plusieurs applications. Jusqu'au printemps 2020, ils étaient cependant limités dans leur performance, surtout au niveau de la mémoire, mais l'écosystème a énormément évolué dans tous les domaines. Quels sont les critères pour faire votre choix?
-  * Maintenant, la fondation Raspberry Pi a mis en marché le [[https://www.raspberrypi.org/products/raspberry-pi-4-model-b/|Raspberry Pi 4B avec 8Gb de RAM]] et le [[https://www.raspberrypi.com/products/raspberry-pi-5/|Raspberry Pi 5, aussi avec 8Gb de RAM]] et ça change beaucoup de chose pour nous :-)  Cette quantité de mémoire permet maintenant de faire des analyses d'alignements NGS avec un index HISAT2 du génome humain qui peut résider en mémoire vive! Et avec un processeur à quatre coeurs de calcul, il est passablement véloce ;-)  Et il ne coute qu'un peu plus de $100 canadiens!!
+    * Critère no. 1: la performance brute du processeur. La fondation Raspberry Pi a mis en marché le [[https://www.raspberrypi.com/products/raspberry-pi-5/|Raspberry Pi 5]] qui a des performances respectables. Un autre option est un ordinateur équipé d'un processeur de la famille Rockchip RK3588 avec 6 à 8 coeurs de calcul comme les [[https://radxa.com/products/rock5/|Radxa de la famille ROCK5]].
+    * Critère no. 2: la quantité de mémoire disponible. Pour faire des tâches complexes et lourdes comme des alignements de séquences NGS, 8Gb est un strict minimum. Par exemple, un alignement HISAT2 avec un index créé en utilisant une liste de sites d'épissage et d'exons se fait avec 8Gb; cependant, si vous ajoutez les infos de polymorphisme (SNP et haplotypes), il vous faudra un minimum de 16Gb...
+    * Critère no. 3: le soutien logiciel. Nous avons un parti pris pour la nécessité d'utiliser une distribution Linux grand public comme Ubuntu; si vous vous sentez aventureux, Armbian est un point de départ pour ce qui suit dans les pages à venir (une nécessité si vous allez dans la voie Radxa).
+    * Critère no. 4: le prix, of course!
   * Nos recettes de construction d'un serveur Clafoutis:
       * [[:fr:install:clafoutis:hardware_small|Le matériel nécessaire]]