Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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fr:install:bin_app_select [2025/05/15 15:24] – [Outils pour annotation de gènes] foisysfr:install:bin_app_select [2025/05/22 16:12] (Version actuelle) – [Outils pour annotation de gènes] foisys
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   * Une suite de scripts Ansible permettant l'installation automatique de l'environnement Impilo est maintenant disponible sur GitHub!   * Une suite de scripts Ansible permettant l'installation automatique de l'environnement Impilo est maintenant disponible sur GitHub!
-  * Comment faire? En partant d'une machine virtuelle vierge, créé tel que décrit à partir d'ici, suivez les étapes suivantes:+  * Comment faire? En partant d'une machine virtuelle Ubuntu server fraîchement créée, suivez les étapes suivantes tel que décrit à partir d'ici:
   * Étape 1: assurer vous d'être à jour sur votre MV:   * Étape 1: assurer vous d'être à jour sur votre MV:
  
 <sxh bash> % sudo apt update && sudo apt upgrade </sxh> <sxh bash> % sudo apt update && sudo apt upgrade </sxh>
  
-  * Étape 2: installer la toute dernière version de ''pip'':+  * Étape 2: installer Ansible via ''apt'':
  
-<sxh bash> % sudo apt install python3-pip </sxh>+<sxh bash> % sudo apt install ansible </sxh>
  
-  * Étape 3: installer Ansible via ''pip'':+  * Étape 3: télécharger les scripts Ansible via ''git'':
  
-<sxh bash> % sudo pip3 install ansible </sxh> +<sxh bash> % git clone https://github.com/foisys/impilo-ansible </sxh>
- +
-  * Étape 4: télécharger les scripts Ansible via ''git'': +
- +
-<sxh bash> % git clone https://github.com/foisys/impilo-ansible|https://github.com/foisys/impilo-ansible </sxh>+
  
   * Étape 5: exécuter le fichier ''standalone.yml''  de la manière suivante:   * Étape 5: exécuter le fichier ''standalone.yml''  de la manière suivante:
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   * Étape 6: aller vous occuper de votre vie! Ça va prendre un certain temps…   * Étape 6: aller vous occuper de votre vie! Ça va prendre un certain temps…
  
-Cette procédure est un //work in progress//  mais a été testé et fonctionne bien sur une VM créé par VirtualBox et sur un serveur Raspberry Pi 4B 8Gb ainsi qu'un serveur Raspberry Pi 5 16Gb:-)+Cette procédure est un //work in progress//  mais a été testé et fonctionne bien sur une VM créée par VirtualBox et sur un serveur Raspberry Pi 4B 8Gb ainsi qu'un serveur Raspberry Pi 5 16Gb:-)
  
  
 ===== Applications d'exploration génomique ===== ===== Applications d'exploration génomique =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:artemis|Artemis]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:artemis|Artemis]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:igv|Integrated Genome Viewer]] <badge success>24.04 A25</badge>+  * [[.:bin_app_repository:igv|Integrated Genome Viewer]] <badge success>24.04 A25</badge>
 ===== Applications multi-fonction ===== ===== Applications multi-fonction =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:emboss|EMBOSS / EMBASSY / Jemboss]] <badge success>24.04 A25</badge>+  * [[.:bin_app_repository:emboss|EMBOSS / EMBASSY / Jemboss]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Alignements pairwise ===== ===== Alignements pairwise =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:gepard|GEPARD]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:gepard|GEPARD]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:blast|BLAST]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:blast|BLAST]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:fasta|FASTA]] <badge success>24.04 A25</badge>+  * [[.:bin_app_repository:fasta|FASTA]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Alignements multiple ===== ===== Alignements multiple =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:clustalw|CLUSTALW]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:clustalw|CLUSTALW]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:clustalomega|CLUSTAL OMEGA]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:clustalomega|CLUSTAL OMEGA]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:mafft|MAFFT]] <badge danger>24.04 A24</badge> +  * [[.:bin_app_repository:mafft|MAFFT]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:muscle3|MUSCLE]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:muscle3|MUSCLE]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:tcoffee|T-COFFEE]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:tcoffee|T-COFFEE]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:aliview|AliView]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:aliview|AliView]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:jalview|JalView]] <badge success>24.04 A25</badge>+  * [[.:bin_app_repository:jalview|JalView]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Outils pour annotation de gènes ===== ===== Outils pour annotation de gènes =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:barrnap|Barrnap]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:aragorn|Aragorn]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:hmmer2|HMMER2]] / [[:fr:install:bin_app_repository:hmmer3|HMMER3]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:barrnap|Barrnap]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:infernal|Infernal]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:hmmer2|HMMER2]] / [[:fr:install:bin_app_repository:hmmer3|HMMER3]] <badge success>22.04 A23</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:prodigal|Prodigal]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:infernal|Infernal]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:prokka|Prokka]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:prodigal|Prodigal]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:trnascan|tRNAScan-SE]] <badge success>24.04 A25</badge>+  * [[.:bin_app_repository:prokka|Prokka]] <badge success>24.04 A25</badge> 
 +  * [[.:bin_app_repository:trnascan|tRNAScan-SE]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Analyse structurale des acides nucléiques ===== ===== Analyse structurale des acides nucléiques =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:rnamotif|RNAMotif]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:rnamotif|RNAMotif]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:vienna|ViennaRNA Package]] <badge primary>22.04 A23</badge>+  * [[.:bin_app_repository:vienna|ViennaRNA Package]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Transcriptomique ===== ===== Transcriptomique =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:gffcompare|GFFcompare]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:gffcompare|GFFcompare]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:gffread|GFFread]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:gffread|GFFread]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:rsem|RSEM]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:rsem|RSEM]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:salmon|Salmon]] <badge danger>24.04 A24</badge> +  * [[.:bin_app_repository:salmon|Salmon]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:stringtie|StringTie]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:stringtie|StringTie]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:subread|Subread]] <badge primary>22.04 A23</badge>+  * [[.:bin_app_repository:subread|Subread]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Modélisation moléculaire ===== ===== Modélisation moléculaire =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:jchempaint|JChemPaint]] <badge success>24.04 A25</badge> +  * [[.:bin_app_repository:jchempaint|JChemPaint]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * Jmol <badge danger>Retiré pour 24.04A24</badge> +  * [[.:bin_app_repository:pymol|Pymol]] <badge success>24.04 A25</badge>
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:pymol|Pymol]] <badge primary>22.04 A23</badge>+
  
 ===== Imagerie scientifique ===== ===== Imagerie scientifique =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:imagej|ImageJ]] <badge primary>22.04 A23</badge>+  * [[.:bin_app_repository:imagej|ImageJ]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Biostatistiques et analyses quantitatives ===== ===== Biostatistiques et analyses quantitatives =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:r|R]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:r|R]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:bioconductor|Bioconductor]] <badge primary>22.04 A23</badge>+  * [[.:bin_app_repository:bioconductor|Bioconductor]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Design et gestion d'amorces ===== ===== Design et gestion d'amorces =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:primer3|Primer3]] <badge danger>24.04 A24</badge>+  * [[.:bin_app_repository:primer3|Primer3]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs ===== ===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:bowtie2|Bowtie 2]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:bowtie2|Bowtie 2]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:hisat2|HISAT 2]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:hisat2|HISAT 2]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:spades|SPAdes]] <badge danger>24.04 A24</badge> +  * [[.:bin_app_repository:spades|SPAdes]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:trinity|Trinity]] <badge primary>22.04 A23</badge>+  * [[.:bin_app_repository:trinity|Trinity]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Utilitaires ===== ===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Utilitaires =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:bedtools|BEDTools]] <badge danger>24.04 A24</badge> +  * [[.:bin_app_repository:bedtools|BEDTools]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:fastp|FastP]] <badge danger>24.04 A24</badge> +  * [[.:bin_app_repository:fastp|FastP]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:fastqc|FastQC]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:fastqc|FastQC]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:jellyfish|Jellyfish]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:jellyfish|Jellyfish]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:picard|Picard]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:picard|Picard]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:qualimap|Qualimap]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:qualimap|Qualimap]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:samtools|SAMtools]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:samtools|SAMtools]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:seqmonk|SeqMonk]] <badge primary>22.04 A23</badge> +  * [[.:bin_app_repository:seqmonk|SeqMonk]] <badge success>24.04 A25</badge> 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:trimmomatic|Trimmomatic]] <badge primary>22.04 A23</badge>+  * [[.:bin_app_repository:trimmomatic|Trimmomatic]] <badge success>24.04 A25</badge>
  
 ===== Bases de données: Utilitaires d'extraction de données ===== ===== Bases de données: Utilitaires d'extraction de données =====
  
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:edirect|NCBI Entrez Direct]] +  * [[.:bin_app_repository:edirect|NCBI Entrez Direct]] 
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:sratoolkit|NCBI SRA Toolkit]]+  * [[.:bin_app_repository:sratoolkit|NCBI SRA Toolkit]] <badge success>24.04 A25</badge>