Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_select [2024/11/21 08:32] – [Outils de séquençage à bas et haut débit: Utilitaires] foisys
+++ fr:install:bin_app_select [2024/12/13 08:02] (Version actuelle) – [Installation automatisée via Ansible] foisys
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   * Étape 4: télécharger les scripts Ansible via ''git'':
-<sxh bash> % git clone https://github.com/foisys/impilo-ansible </sxh>
+<sxh bash> % git clone [[https://github.com/foisys/impilo-ansible|https://github.com/foisys/impilo-ansible]] </sxh>
   * Étape 5: exécuter le fichier ''standalone.yml''  de la manière suivante:
-<sxh bash> % cd ./impilo-ansible % ansible-playbook --ask-become-pass -i inventory standalone.yml </sxh>
+<sxh bash>
+% cd ./impilo-ansible
+% ansible-playbook –ask-become-pass -i inventory standalone.yml </sxh>
   * Étape 6: aller vous occuper de votre vie! Ça va prendre un certain temps…
 Cette procédure est un //work in progress//  mais a été testé et fonctionne bien sur une VM créé par VirtualBox et sur un serveur Raspberry Pi 4B 8Gb :-)
 ===== Applications d'exploration génomique =====
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 ===== Design et gestion d'amorces =====
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:primer3|Primer3]] <badge primary>22.04 A23</badge>
+  * [[:fr:install:bin_app_repository:primer3|Primer3]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 ===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs =====
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   * [[:fr:install:bin_app_repository:bowtie2|Bowtie 2]] <badge primary>22.04 A23</badge>
   * [[:fr:install:bin_app_repository:hisat2|HISAT 2]] <badge primary>22.04 A23</badge>
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:spades|SPAdes]] <badge primary>22.04 A23</badge>
+  * [[:fr:install:bin_app_repository:spades|SPAdes]] <badge danger>24.04 A24</badge>
   * [[:fr:install:bin_app_repository:trinity|Trinity]] <badge primary>22.04 A23</badge>
@@ Ligne 109: / Ligne 112: @@
   * [[:fr:install:bin_app_repository:bedtools|BEDTools]] <badge danger>24.04 A24</badge>
+  * [[:fr:install:bin_app_repository:fastp|FastP]] <badge danger>24.04 A24</badge>
   * [[:fr:install:bin_app_repository:fastqc|FastQC]] <badge primary>22.04 A23</badge>
   * [[:fr:install:bin_app_repository:jellyfish|Jellyfish]] <badge primary>22.04 A23</badge>
@@ Ligne 115: / Ligne 119: @@
   * [[:fr:install:bin_app_repository:samtools|SAMtools]] <badge primary>22.04 A23</badge>
   * [[:fr:install:bin_app_repository:seqmonk|SeqMonk]] <badge primary>22.04 A23</badge>
-  * [[:fr:install:bin_app_repository:sratoolkit|SRA Toolkit]]
   * [[:fr:install:bin_app_repository:trimmomatic|Trimmomatic]] <badge primary>22.04 A23</badge>
+===== Bases de données: Utilitaires d'extraction de données =====
+  * [[:fr:install:bin_app_repository:edirect|NCBI Entrez Direct]]
+  * [[:fr:install:bin_app_repository:sratoolkit|NCBI SRA Toolkit]]