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fr:install:bin_app_select [2024/07/12 15:01] – [Applications d'exploration génomique] foisysfr:install:bin_app_select [2024/12/13 08:02] (Version actuelle) – [Installation automatisée via Ansible] foisys
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 +====== Processus d'installation des applications bio-informatiques retrouvées dans Impilo ======
 +
 +Impilo a comme but premier de rendre disponible sur un seul serveur le plus grand nombre possible d'applications en bio-informatique tout en associant ces applications à une documentation pertinente pour une utilisation optimale et pour l'enseignement.
 +
 +Cette liste est mise à jour à chaque année, avant le début de la session d'automne; rappelez-vous que nous sommes avant tout des enseignants ;-)
 +
 +===== Installation automatisée via Ansible =====
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 +  * Une suite de scripts Ansible permettant l'installation automatique de l'environnement Impilo est maintenant disponible sur GitHub!
 +  * Comment faire? En partant d'une machine virtuelle vierge, créé tel que décrit à partir d'ici, suivez les étapes suivantes:
 +  * Étape 1: assurer vous d'être à jour sur votre MV:
 +
 +<sxh bash> % sudo apt update && sudo apt upgrade </sxh>
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 +  * Étape 2: installer la toute dernière version de ''pip'':
 +
 +<sxh bash> % sudo apt install python3-pip </sxh>
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 +  * Étape 3: installer Ansible via ''pip'':
 +
 +<sxh bash> % sudo pip3 install ansible </sxh>
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 +  * Étape 4: télécharger les scripts Ansible via ''git'':
 +
 +<sxh bash> % git clone [[https://github.com/foisys/impilo-ansible|https://github.com/foisys/impilo-ansible]] </sxh>
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 +  * Étape 5: exécuter le fichier ''standalone.yml''  de la manière suivante:
 +
 +<sxh bash> 
 +% cd ./impilo-ansible 
 +% ansible-playbook –ask-become-pass -i inventory standalone.yml </sxh>
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 +  * Étape 6: aller vous occuper de votre vie! Ça va prendre un certain temps…
 +
 +Cette procédure est un //work in progress//  mais a été testé et fonctionne bien sur une VM créé par VirtualBox et sur un serveur Raspberry Pi 4B 8Gb :-)
 +
 +
 +===== Applications d'exploration génomique =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:artemis|Artemis]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:igv|Integrated Genome Viewer]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +===== Applications multi-fonction =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:emboss|EMBOSS / EMBASSY / Jemboss]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +
 +===== Alignements pairwise =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:gepard|GEPARD]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:blast|BLAST]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:fasta|FASTA]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +
 +===== Alignements multiple =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:clustalw|CLUSTALW]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:clustalomega|CLUSTAL OMEGA]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:mafft|MAFFT]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:muscle3|MUSCLE]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:tcoffee|T-COFFEE]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:aliview|AliView]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:jalview|JalView]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +
 +===== Outils pour annotation de gènes =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:barrnap|Barrnap]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:hmmer2|HMMER2]] / [[:fr:install:bin_app_repository:hmmer3|HMMER3]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:infernal|Infernal]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:prodigal|Prodigal]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:prokka|Prokka]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:trnascan|tRNAScan-SE]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +
 +===== Analyse structurale des acides nucléiques =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:rnamotif|RNAMotif]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:vienna|ViennaRNA Package]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +
 +===== Transcriptomique =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:gffcompare|GFFcompare]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:gffread|GFFread]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:rsem|RSEM]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:salmon|Salmon]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:stringtie|StringTie]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:subread|Subread]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +
 +===== Modélisation moléculaire =====
 +
 +  * JChemPaint <badge danger>Retiré pour 24.04A24</badge>
 +  * Jmol <badge danger>Retiré pour 24.04A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:pymol|Pymol]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +
 +===== Imagerie scientifique =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:imagej|ImageJ]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +
 +===== Biostatistiques et analyses quantitatives =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:r|R]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:bioconductor|Bioconductor]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +
 +===== Design et gestion d'amorces =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:primer3|Primer3]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +
 +===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:bowtie2|Bowtie 2]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:hisat2|HISAT 2]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:spades|SPAdes]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:trinity|Trinity]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +
 +===== Outils de séquençage à bas et haut débit: Utilitaires =====
 +
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:bedtools|BEDTools]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:fastp|FastP]] <badge danger>24.04 A24</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:fastqc|FastQC]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:jellyfish|Jellyfish]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:picard|Picard]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:qualimap|Qualimap]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:samtools|SAMtools]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:seqmonk|SeqMonk]] <badge primary>22.04 A23</badge>
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:trimmomatic|Trimmomatic]] <badge primary>22.04 A23</badge>
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 +===== Bases de données: Utilitaires d'extraction de données =====
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 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:edirect|NCBI Entrez Direct]]
 +  * [[:fr:install:bin_app_repository:sratoolkit|NCBI SRA Toolkit]]
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