Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:trnascan_2012 [2025/05/15 15:15] – créée foisysfr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:trnascan_2012 [2026/04/30 16:45] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
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   * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.   * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
 <sxh bash> <sxh bash>
-% sudo chown -R root:root ./tRNAscan-SE-2.0 +% sudo chown -R root:root ./tRNAscan-SE-2.0.12 
-% sudo chmod -R 755 ./tRNAscan-SE-2.0+% sudo chmod -R 755 ./tRNAscan-SE-2.0.12
 </sxh> </sxh>
  
Ligne 27: Ligne 27:
  
 <sxh bash> <sxh bash>
-% cd ./tRNAscan-SE-2.0+% cd ./tRNAscan-SE-2.0.12
 % sudo chmod o+x ./lib/tRNAscanSE % sudo chmod o+x ./lib/tRNAscanSE
 </sxh> </sxh>
 +
  
   * La compilation se fait facilement en remontant d'un niveau, avec les commandes usuelles:   * La compilation se fait facilement en remontant d'un niveau, avec les commandes usuelles:
Ligne 41: Ligne 42:
 % sudo nano ./tRNAscan-SE % sudo nano ./tRNAscan-SE
 # Il faut changer la ligne 23: # Il faut changer la ligne 23:
-use lib "/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib/tRNAscan-SE";+use lib "/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/lib/tRNAscan-SE";
 # Pour cette ligne: # Pour cette ligne:
-use lib "/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib";+use lib "/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/lib";
 % sudo nano ./tRNAscan-SE.conf % sudo nano ./tRNAscan-SE.conf
 # Il faut changer la ligne 6: # Il faut changer la ligne 6:
-lib_dir: /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib/tRNAscan-SE;+lib_dir: /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/lib/tRNAscan-SE;
 # Pour cette ligne: # Pour cette ligne:
-lib_dir: /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/lib;+lib_dir: /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/lib;
 </sxh> </sxh>
  
   * On a un dernier problème avec ''tRNAscan-SE''... C'est en fait un script Perl qui encapsule le fonctionnement des applications qui sont sous ''./bin'' et pourtant il se trouve un niveau plus haut, ce qui n'est pas nécessairement la manière de faire lorsqu'on installe les applications sous ''./bin''. Donc, on crée un lien symbolique dans le répertoire ''./bin'':   * On a un dernier problème avec ''tRNAscan-SE''... C'est en fait un script Perl qui encapsule le fonctionnement des applications qui sont sous ''./bin'' et pourtant il se trouve un niveau plus haut, ce qui n'est pas nécessairement la manière de faire lorsqu'on installe les applications sous ''./bin''. Donc, on crée un lien symbolique dans le répertoire ''./bin'':
 <sxh bash> <sxh bash>
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/tRNAscan-SE /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/bin/tRNAscan-SE +% sudo ln -s /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/tRNAscan-SE /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/bin/tRNAscan-SE 
 </sxh> </sxh>
  
   * Il faut faire de même pour le fichier ''tRNAScan-SE.conf'':   * Il faut faire de même pour le fichier ''tRNAScan-SE.conf'':
 <sxh bash> <sxh bash>
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/tRNAscan-SE.conf /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/bin/tRNAscan-SE.conf +% sudo ln -s /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/tRNAscan-SE.conf /opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/bin/tRNAscan-SE.conf 
 </sxh> </sxh>
  
Ligne 66: Ligne 67:
 # tRNAscan-SE 2.0 specific environment variables # tRNAscan-SE 2.0 specific environment variables
 # #
-export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0/bin+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/tRNAscan-SE-2.0.12/bin
 </sxh>  </sxh>