Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:subread_211 [2023/06/20 16:22] – créée - modification externe 127.0.0.1fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:subread_211 [2025/05/15 15:57] (Version actuelle) – foisys
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-====== Installation de Subread 2.0.6 ======+====== Installation de Subread 2.1.1 ======
  
 ===== Librairies additionnelles ===== ===== Librairies additionnelles =====
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 <sxh bash>  <sxh bash> 
 % cd /opt/bio/sources  % cd /opt/bio/sources 
-% sudo curl -L -o subread-2.0.6-source.tar.gz https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.6/subread-2.0.6-source.tar.gz/download  +% sudo curl -L -o subread-2.1.1-source.tar.gz https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.1.1/subread-2.1.1-source.tar.gz/download  
-% sudo tar -zxvf subread-2.0.6-source.tar.gz  +% sudo tar -zxvf subread-2.1.1-source.tar.gz  
-% sudo rm -rf subread-2.0.6-source.tar.gz +% sudo rm -rf subread-2.1.1-source.tar.gz 
 </sxh> </sxh>
  
-  * Le dossier ''subread-2.0.6-source''  devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.+  * Le dossier ''subread-2.1.1-source''  devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
  
 <sxh bash>  <sxh bash> 
-% sudo chown -R root:root ./subread-2.0.6-source  +% sudo chown -R root:root ./subread-2.1.1-source  
-% sudo chmod 755 ./subread-2.0.6-source +% sudo chmod 755 ./subread-2.1.1-source 
 </sxh> </sxh>
  
-  * Si nous êtes sur un ordinateur ARM64 (comme un RPi), on doit faire des modifications au fichier ''Makefile.Linux'' qui se trouve dans le répertoire ''src'':+  * Si vous êtes sur un ordinateur ARM64 (comme un RPi), on doit faire des modifications au fichier ''Makefile.Linux'' qui se trouve dans le répertoire ''src'':
 <sxh bash>  <sxh bash> 
-% cd ./subread-2.0.6-source/src+% cd ./subread-2.1.1-source/src
 % sudo sed -i 's/-mtune=core2/-mtune=cortex-a72/g' Makefile.Linux  % sudo sed -i 's/-mtune=core2/-mtune=cortex-a72/g' Makefile.Linux 
 % sudo sed -i 's/-mtune=core2/-mtune=cortex-a72/g' ./longread-one/Makefile % sudo sed -i 's/-mtune=core2/-mtune=cortex-a72/g' ./longread-one/Makefile
 </sxh> </sxh>
  
-  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''subread-2.0.6-source'', la compilation se fait simplement:+  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''subread-2.1.1-source'', la compilation se fait simplement:
  
 <sxh bash>  <sxh bash> 
Ligne 45: Ligne 45:
 # Subread specific environment variables  # Subread specific environment variables 
 #  # 
-export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/subread-2.0.6-source/bin +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/subread-2.1.1-source/bin 
 </sxh> </sxh>