Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Les deux révisions précédentesRévision précédente
fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:sratoolkit_321 [2025/05/15 16:13] – foisysfr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:sratoolkit_321 [2026/04/26 16:50] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
Ligne 22: Ligne 22:
   * On doit passer par Github pour obtenir les deux répertoires de code source nécessaire:   * On doit passer par Github pour obtenir les deux répertoires de code source nécessaire:
 <sxh bash> <sxh bash>
-% git clone https://github.com/ncbi/ncbi-vdb.git +# 
-% git clone https://github.com/ncbi/sra-tools.git+# O ose place dans /opt/bio/sources 
 +# 
 +% sudo curl -L -o ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz https://github.com/ncbi/ncbi-vdb/archive/refs/tags/3.2.1.tar.gz 
 +% sudo curl -L -o sra-tools-3.2.1.tar.gz https://github.com/ncbi/sra-tools/archive/refs/tags/3.2.1.tar.gz
 </sxh> </sxh>
  
-  * On déplace les deux répertoires obtenus dans ''/opt/bio/sources'' et on s'assure que ces répertoires appartiennent à ''root'' et que les permissions sont à ''755'':+  * On décompresse les deux archives téléchargées:
 <sxh bash> <sxh bash>
-% sudo mv ./ncbi-vdb /opt/bio/sources +% sudo tar -zxvf ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz 
-% sudo mv ./sra-tools /opt/bio/sources +% sudo rm -rf ncbi-vdb-3.2.1.tar.gz 
-% cd /opt/bio/sources +% sudo tar -zxvf src-tools-3.2.1.tar.gz 
-% sudo chown -R root:root ./ncbi-vdb +% sudo rm -rf sra-tools-3.2.1.tar.gz 
-% sudo chmod 755 ./ncbi-vdb +</sxh> 
-% sudo chown -R root:root ./sra-tools +  * On s'assure que ces répertoires appartiennent à ''root'' et que les permissions sont à ''755'': 
-% sudo chmod 755 ./sra-tools+<sxh bash> 
 +% sudo chown -R root:root ./ncbi-vdb-3.2.1 
 +% sudo chmod 755 ./ncbi-vdb-vdb-3.2.1 
 +% sudo chown -R root:root ./sra-tools-3.2.1 
 +% sudo chmod 755 ./sra-tools-3.2.1
 </sxh> </sxh>
  
   * On commence par ''ncbi-vdb''... On suit la valse classique:   * On commence par ''ncbi-vdb''... On suit la valse classique:
 <sxh bash>  <sxh bash> 
-% cd ./ncbi-vdb +% cd ./ncbi-vdb-3.2.1
 % sudo ./configure --prefix=`pwd` --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install % sudo ./configure --prefix=`pwd` --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
 </sxh> </sxh>
Ligne 45: Ligne 52:
   * Ensuite avec SRA Tools, c'est pas mal pareil:   * Ensuite avec SRA Tools, c'est pas mal pareil:
 <sxh bash> <sxh bash>
-% cd ../sra-tools  +% cd ../sra-tools-3.2.1 
-% sudo ./configure --prefix=`pwd` --with-ncbi-vdb-prefix=/opt/bio/sources/ncbi-vdb --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install+% sudo ./configure --prefix=`pwd` --with-ncbi-vdb-prefix=/opt/bio/sources/ncbi-vdb-3.2.1 --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
 </sxh> </sxh>
  
Ligne 54: Ligne 61:
 # SAMTools specific environment variable  # SAMTools specific environment variable 
 #  # 
-export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/sra-tools/bin +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/sra-tools-3.2.1/bin 
 </sxh> </sxh>