Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:spades_410 [2025/05/18 15:09] – créée foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:spades_410 [2026/07/30 16:41] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
+====== Installation de SPAdes 4.1 ======
+===== Libraries additionnelles =====
+  * Il faut s'assurer d'avoir les libraries suivantes:
+    * ''g++'' (déjà disponible car le meta-package ''build-essential'' le contient)
+    * ''cmake''
+    * ''zlib1g-dev''
+    * ''libbz2-dev''
+<sxh bash>
+% sudo apt-get install cmake zlib1g-dev libbz2-dev
+</sxh>
+  * Il faut aussi avoir une version de Python supérieure à 3.8 mais sur une installation Impilo basée sur Ubuntu 24.04, ce n'est pas un problème.
+===== Procédure d'installation =====
+  * En premier lieu, il faut se placer dans ''/opt/bio/sources'', télécharger l'archive du code source et la décompresser:
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -o SPAdes-4.1.0.tar.gz  https://github.com/ablab/spades/archive/refs/tags/v4.1.0.tar.gz
+% sudo tar -zxvf SPAdes-4.1.0.tar.gz
+% sudo rm -rf SPAdes-4.1.0.tar.gz
+</sxh>
+  * Deuxièmement, le répertoire ''spades-4.1.0''  doit appartenir à ''root''  et ses permissions doivent être ''755'':
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ./spades-4.1.0
+% sudo chmod 755 ./spades-4.1.0
+</sxh>
+  * Les développeurs ont inclus un script de compilation qui s'occupe de tout:
+<sxh bash>
+% cd ./spades-4.1.0
+% sudo ./spades_compile.sh
+</sxh>
+  * Pour tester votre installation (notez cependant que si vous avez peu de mémoire vive, le test va planté...):
+<sxh bash>
+# Retournez dans votre $HOME
+% cd
+# Exécutez le test interne de SPAdes
+% /opt/bio/sources/spades-4.1.0/bin/spades.py --test
+</sxh>
+  * Pour simplifier notre existence:
+<sxh bash>
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/spades-4.1.0/bin/spades.py /opt/bio/sources/spades-4.1.0/bin/spades
+</sxh>
+  * Il reste à éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:
+<sxh bash>
+#
+# SPAdes specific environment variable
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/spades-4.1.0/bin
+</sxh>