Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:samtools_121 [2025/02/03 13:02] – créée - modification externe 127.0.0.1fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:samtools_121 [2025/05/15 16:44] (Version actuelle) – foisys
Ligne 1: Ligne 1:
-====== Instruction d'installation de SAMtools 1.17 ======+====== Instruction d'installation de SAMtools 1.21 ======
  
 ===== Librairies additionnelles ===== ===== Librairies additionnelles =====
Ligne 6: Ligne 6:
  
   * ''libncurses-dev''   * ''libncurses-dev''
-  * ''libbz2-dev''<sxh bash> % sudo apt-get install -y libncurses-dev libbz2-dev </sxh>+  * ''libbz2-dev'' 
 + 
 +<sxh bash>  
 +% sudo apt-get install -y libncurses-dev libbz2-dev  
 +</sxh> 
 ===== Procédure ===== ===== Procédure =====
  
Ligne 13: Ligne 18:
   * L'archive contenant le code source a été téléchargé à partir du site web et décompressée sous ''/opt/bio/sources'':   * L'archive contenant le code source a été téléchargé à partir du site web et décompressée sous ''/opt/bio/sources'':
  
-<sxh bash> % cd /opt/bio/sources % sudo curl -L -O [[https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2|https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2]] % sudo tar -jxvf samtools-1.17.tar.bz2 % sudo rm -rf samtools-1.17.tar.bz2 </sxh>+<sxh bash>  
 +% cd /opt/bio/sources  
 +% sudo curl -L -O https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.21/samtools-1.21.tar.bz2 
 +% sudo tar -jxvf samtools-1.21.tar.bz2  
 +% sudo rm -rf samtools-1.21.tar.bz2  
 +</sxh>
  
-  * On s'assure que le répertoire ''samtools-1.17''  appartient à ''root''  et que ces permissions sont à ''755'':+  * On s'assure que le répertoire ''samtools-1.21''  appartient à ''root''  et que ces permissions sont à ''755'':
  
-<sxh bash> % sudo chown -R root:root ./samtools-1.17 % sudo chmod 755 ./samtools-1.17 </sxh>+<sxh bash> % sudo chown -R root:root ./samtools-1.21  
 +% sudo chmod 755 ./samtools-1.21 </sxh>
  
   * Une fois dans le répertoire, la compilation est facile:   * Une fois dans le répertoire, la compilation est facile:
  
-<sxh bash> % cd ./samtools-1.17 % sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install % cd ./htslib-1.17 % sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install </sxh>+<sxh bash>  
 +% cd ./samtools-1.21  
 +% sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install  
 +% cd ./htslib-1.21  
 +% sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install  
 +</sxh>
  
   * Pour rendre ''samtools''  et les utilitaires de ''htslib''  disponibles à tous, il faut faire ceci modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes:   * Pour rendre ''samtools''  et les utilitaires de ''htslib''  disponibles à tous, il faut faire ceci modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes:
  
-<sxh bash> # # SAMTools specific environment variable # export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.17/bin export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.17/htslib-1.17/bin </sxh>+<sxh bash>  
 +#  
 +# SAMTools specific environment variable  
 +#  
 +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.21/bin  
 +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.21/htslib-1.21/bin  
 +</sxh>