Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:pymol_310 [2025/05/15 16:08] – créée foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:pymol_310 [2026/07/30 16:41] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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+====== Installation de Pymol 3.2.0a ======
+===== Librairies additionnelles =====
+  * Les librairies suivantes sont nécessaires:
+  * ''git''
+  * ''python3-dev''
+  * ''libglew-dev''
+  * ''libpng-dev''
+  * ''libfreetype6-dev''
+  * ''libxml2-dev''
+  * ''libmsgpack-dev''
+  * ''python3-pyqt5.qtopengl''
+  * ''libglm-dev''
+  * ''libnetcdf-dev''
+  * ''freeglut3-dev''
+<sxh bash>
+% sudo apt-get install git build-essential python3-dev libglew-dev libpng-dev libfreetype6-dev libxml2-dev libmsgpack-dev python3-pyqt5.qtopengl libglm-dev libnetcdf-dev freeglut3-dev
+</sxh>
+===== Procédure =====
+Pour réussir à être à jour dans les versions de ce logiciel, l'approche code source a été choisie.
+  * Premièrement, obtenir la dernière version stable du code source à partir de GitHub:
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source.git
+</sxh>
+  * Il faut que ''root'' soit le propriétaire de ce répertoire:
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ./pymol-open-source
+% sudo chmod 755 ./pymol-open-source
+</sxh>
+  * La compilation se fait via le script d'installation contenu dans le répertoire:
+<sxh bash>
+% cd ./pymol-open-source
+% sudo python3 ./setup.py build install \
+--use-msgpackc=no \
+--home=/opt/bio/sources/pymol-open-source
+</sxh>
+  * Il faut modifier le script de démarrage ''pymol'' sous ''bin'' pour corriger où se trouve le point de démarrage. Avec ''nano'', selon votre plateforme:
+<sxh bash>
+#
+# Version originale
+#
+#!/bin/sh
+exec "/usr/bin/python3" "/usr/local/lib/python3.12/dist-packages/pymol/__init__.py" "$@"
+</sxh>
+<sxh bash>
+# Pour x86_64
+#!/bin/sh
+exec "/usr/bin/python3" "/opt/bio/sources/pymol-open-source/build/lib.linux-x86_64-cpython-312/pymol/__init__.py" "$@"
+</sxh>
+<sxh bash>
+# Pour ARM64
+#!/bin/sh
+exec "/usr/bin/python3" "/opt/bio/sources/pymol-open-source/build/lib.linux-aarch64-cpython-312/pymol/__init__.py" "$@"
+</sxh>
+  * Il faut ajouter les lignes suivantes à la toute fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour que le système trouve les applications:
+<sxh bash>
+#
+# PyMol specific environment variables
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/pymol-open-source/bin
+</sxh>
+  * Pymol est une application avec interface graphique; il faut donc l"utiliser dans l'interface Xfce ou bien via un client VNC/RDP ou un serveur XWindows. L'application s'appelle simplement:
+<sxh bash>
+% pymol
+</sxh>
+  * Il faut maintenant ajouter Pymol dans le menu Impilo:
+    * Plus à venir...