Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:mafft_7526 [2025/05/22 14:08] – créée foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:mafft_7526 [2026/07/30 16:41] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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+====== Installation de MAFFT 7.526 ======
+===== Librairies additionnelles =====
+Aucune librairie additionnelle est nécessaire.
+===== Procédure =====
+Voici la procédure suivi pour l'installation de MAFFT à partir du code source:
+  * L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé:
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -O https://gitlab.com/sysimm/mafft/-/archive/main/mafft-main.tar.gz
+% sudo tar -zxvf mafft-main.tar.gz
+% sudo rm mafft-main.tar.gz
+</sxh>
+  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ./mafft-main.tar.gz
+% sudo chmod -R 755 ./mafft-main.tar.gz
+ </sxh>
+  * Il faut modifier quelques lignes dans les deux fichiers ''Makefile''  qui se trouvent dans ''/opt/bio/sources/mafft-main/core''  et ''/opt/bio/sources/mafft-main/extensions''. Dans les ceux cas, la ligne originale:
+<sxh bash> PREFIX = /usr/local </sxh>
+devient la ligne suivante:
+<sxh bash> PREFIX = /opt/bio/sources/mafft-main </sxh>
+  * On se retrouve dans le dossier ''mafft-main'', la compilation se fait alors facilement:
+<sxh bash>
+% cd extensions
+# make install est nécessaire pour que le script mafft soit créer
+% sudo make && sudo make install
+% cd ../core
+% sudo make clean
+% sudo make && make install
+</sxh>
+* Il faut ajouter ces lignes dans le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  pour que les applications soient sur le ''$PATH'':
+<sxh>
+#
+# MAFFT specific environment variables
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/mafft-main/bin </sxh> //