Différences

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fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:imagej_2160 [2025/05/20 17:58] – [Procédure] foisysfr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:imagej_2160 [2025/05/20 18:01] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
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   * Nouveauté: Fiji est l'application contenant ImageJ et avec presque tous les modules externes existants. Télécharger l'archive de Fiji à partir du site Web et décompresser la; vous obtiendrez un répertoire appelé Fiji.app   * Nouveauté: Fiji est l'application contenant ImageJ et avec presque tous les modules externes existants. Télécharger l'archive de Fiji à partir du site Web et décompresser la; vous obtiendrez un répertoire appelé Fiji.app
  
-<sxh bash> % cd /opt/bio/sources % sudo curl -L -O [[https://downloads.imagej.net/fiji/stable/fiji-stable-portable-nojava.zip|https://downloads.imagej.net/fiji/stable/fiji-stable-portable-nojava.zip]] % sudo unzip fiji-stable-portable-nojava.zip % sudo rm fiji-stable-portable-nojava.zip </sxh>+<sxh bash>  
 +% cd /opt/bio/sources  
 +% sudo curl -L -O https://downloads.imagej.net/fiji/stable/fiji-stable-portable-nojava.zip  
 +% sudo unzip fiji-stable-portable-nojava.zip  
 +% sudo rm fiji-stable-portable-nojava.zip  
 +</sxh>
  
   * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.   * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
  
-<sxh bash> % sudo chown -R root:root ./Fiji.app % sudo chmod 755 ./Fiji.app </sxh>+<sxh bash>  
 +% sudo chown -R root:root ./Fiji.app  
 +% sudo chmod 755 ./Fiji.app  
 +</sxh>
  
   * ImageJ est démarré via dans un script shell portant le nom de ''fiji''; ce script s'occupe de l'auto-détection de la plateforme pour initialiser ImageJ.   * ImageJ est démarré via dans un script shell portant le nom de ''fiji''; ce script s'occupe de l'auto-détection de la plateforme pour initialiser ImageJ.
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   * Finalement, éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:   * Finalement, éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:
  
-<sxh bash> # # ImageJ specific environment variable # export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/Fiji.app </sxh>+<sxh bash>  
 +#  
 +# ImageJ specific environment variable  
 +#  
 +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/Fiji.app  
 +</sxh>
  
   * ImageJ possède une fonction de mise à jour interne qui se trouve sous le menu **Help**. Pour réussir une mise à jour, il faut invoquer la commande ''fiji''  avec le ''sudo'':   * ImageJ possède une fonction de mise à jour interne qui se trouve sous le menu **Help**. Pour réussir une mise à jour, il faut invoquer la commande ''fiji''  avec le ''sudo'':
  
-<sxh bash> % sudo su % /opt/bio/sources/Fiji.app/fiji # Faites les mises à jour :-) </sxh>+<sxh bash>  
 +# Juste faire ça la 1ere fois :-) 
 +% xhost si:localuser:root  
 +% sudo /opt/bio/sources/Fiji.app/fiji  
 +# Faites les mises à jour :-) </sxh>
  
   * Pour ajouter ImageJ dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:   * Pour ajouter ImageJ dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4: