Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:hisat2_221 [2025/05/18 15:07] – créée foisysfr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:hisat2_221 [2026/02/11 11:11] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
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 ===== Librairies additionnelles =====  ===== Librairies additionnelles ===== 
  
-  * Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire.+  * Pour assurer la bonne compilation sur un ordinateur en architecture ARM64, il faut installer les librairies ou applications  suivantes: 
 +    * ''libsimde-dev'' 
 +    * ''quilt''
   * Comme on n'utilise pas ''ncbi-ngs'', il est impossible d'accéder aux archives SRA pour extraire des fichiers de séquences.   * Comme on n'utilise pas ''ncbi-ngs'', il est impossible d'accéder aux archives SRA pour extraire des fichiers de séquences.
  
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 Voici la procédure suivi pour l'installation de Bowtie2 à partir du code source: Voici la procédure suivi pour l'installation de Bowtie2 à partir du code source:
 +
 +  * Il faut télécharger un package disponible sur le site ''packages.ubuntu.com'' pour obtenir les //patches// logicielles pour une compilation dans une architecture ARM64 (l'application de ses patches n'affectera pas la compilation dans un environnement x86_64):
 +<sxh bash>
 +# Dans votre compte:
 +% curl -L -O http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/universe/h/hisat2/hisat2_2.2.1-4.debian.tar.xz
 +% tar -xf hisat2_2.2.1-4.debian.tar.xz
 +# Et vous devriez voir un répertoire appelé Debian :-)
 +</sxh>
  
   * Sous ''/opt/bio/sources'', l'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.   * Sous ''/opt/bio/sources'', l'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.
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 <sxh bash> <sxh bash>
 % cd /opt/bio/sources % cd /opt/bio/sources
-% sudo curl -L -o hisat2-2.2.1.zip https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hisat2-221-source/download +% sudo curl -L -o hisat2-2.2.1.tar.gz https://github.com/DaehwanKimLab/hisat2/archive/refs/tags/v2.2.1.tar.gz 
-% sudo unzip hisat2-2.2.1.zip +% sudo unzip hisat2-2.2.1.tar.gz 
-% sudo rm hisat2-2.2.1.zip+% sudo rm hisat2-2.2.1.tar.gz
 </sxh> </sxh>
  
-  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.+  * Si vous compilez sur ARM64, vous devez ensuite copier le répertoire ''patches'' du dossier ''debian'' qui se trouve dans votre répertoire: 
 +<sxh bash> 
 +% sudo cp -r ~/debian/patches ./hisat2-2.2.1 
 +</sxh>
  
 +  * Si vous compilez sur ARM64, vous devez corriger les fichiers nécessaires en utilisant les informations contenues dans le dossier ''patches'':
 <sxh bash> <sxh bash>
-% sudo chown -R root:root ./hisat2-2.2.1 +% cd hisat2-2.2.1 
-% sudo chmod 755 ./hisat2-2.2.1+% sudo quilt push -a
 </sxh> </sxh>
  
-  * La compilation se fait simplement:+  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''. 
 +<sxh bash> 
 +% sudo chown -R root:root ../hisat2-2.2.1 
 +% sudo chmod 755 ../hisat2-2.2.1 
 +</sxh>
  
 +  * La compilation se fait simplement:
 <sxh bash> <sxh bash>
-% cd hisat2-2.2.1 
 % sudo make % sudo make
 </sxh> </sxh>