Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:bowtie2_254 [2025/05/18 15:04] – créée foisysfr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:bowtie2_254 [2026/07/30 16:41] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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 +====== Installation de Bowtie2 2.5.4 ======
  
 +===== Librairies additionnelles ===== 
 +
 +  * Il faut installer les librairies suivantes:
 +    * ''libtbb-dev''
 +
 +<sxh bash>
 +% sudo apt-get install libtbb-dev
 +</sxh>
 +
 +===== Procédure =====
 +
 +Voici la procédure suivi pour l'installation de Bowtie2 à partir du code source:
 +
 +  * Sous ''/opt/bio/sources'', l'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé.
 +
 +<sxh bash>
 +% cd /opt/bio/sources
 +% sudo curl -L -o bowtie2.v2.5.4.tar.gz https://github.com/BenLangmead/bowtie2/archive/refs/tags/v2.5.4.tar.gz
 +% sudo tar -zxvf bowtie2.v2.5.4.tar.gz
 +% sudo rm bowtie2.v2.5.4.tar.gz
 +</sxh>
 +
 +  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
 +
 +<sxh bash>
 +% sudo chown -R root:root ./bowtie2-2.5.4
 +% sudo chmod 755 ./bowtie2-2.5.4
 +</sxh>
 +
 +  * La compilation se fait simplement:
 +
 +<sxh bash>
 +% cd bowtie2-2.5.4
 +% sudo make
 +</sxh>
 +
 +  * Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, simplement créer un répertoire ''bin'' dans ''bowtie2-2.5.4'', créer un lien symbolique pour les nouvelles applications crées:
 +<sxh bash>
 +% sudo mkdir ./bin
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bowtie2 /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bin/bowtie2
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bowtie2-align-l /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bin/bowtie2-align-l
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bowtie2-align-s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bin/bowtie2-align-s
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bowtie2-build /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bin/bowtie2-build
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bowtie2-build-l /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bin/bowtie2-build-l
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bowtie2-build-s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bin/bowtie2-build-s
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bowtie2-inspect /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bin/bowtie2-inspect
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bowtie2-inspect-l /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bin/bowtie2-inspect-l
 +% sudo ln -s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bowtie2-inspect-s /opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bin/bowtie2-inspect-s
 +</sxh>
 +
 +  * Finalement, ajouter ces lignes à la fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''
 +<sxh bash>
 +#
 +# Bowtie2 specific environment variable
 +#
 +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/bowtie2-2.5.4/bin
 +</sxh>