Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Prochaine révision		Révision précédente
fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:blast_216 [2024/07/07 15:22] – créée - modification externe 127.0.0.1fr:install:bin_app_repository:24_04_a25_build:blast_216 [2025/05/15 14:54] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
Ligne 14: Ligne 14:
 disque: nous avons choisi l'installation à partir des applications exécutables. disque: nous avons choisi l'installation à partir des applications exécutables.
  
-**Note:** La version compilée pour ARM64 de nabi-blast-2.15.0+ ne semble pas fonctionner...; il faut donc utiliser la version antérieure ARM64 2.13.0+ qui est toujours disponible et fonctionnelle. On verra pour le futur... +**Note:** La version compilée pour ARM64 de nabi-blast-2.16.0+ ne semble pas fonctionner...; il faut donc utiliser la version antérieure ARM64 2.13.0+ qui est toujours disponible et fonctionnelle. On verra pour le futur... 
  
 Voici la procédure suivi pour l'installation de BLAST à partir de l'archive contenant l'application exécutable: Voici la procédure suivi pour l'installation de BLAST à partir de l'archive contenant l'application exécutable:
Ligne 23: Ligne 23:
 # Si vous êtes avec une plateforme x86_64 comme Intel ou AMD # Si vous êtes avec une plateforme x86_64 comme Intel ou AMD
 % cd /opt/bio/sources  % cd /opt/bio/sources 
-% sudo curl -L -O https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.15.0/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz  +% sudo curl -L -O https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.16.0/ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz  
-% sudo tar -zxvf ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz  +% sudo tar -zxvf ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz  
-% sudo rm -rf ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz +% sudo rm -rf ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz 
  
 # Si vous êtes avec une plateforme ARM comme le RPi # Si vous êtes avec une plateforme ARM comme le RPi
Ligne 32: Ligne 32:
 % sudo tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz  % sudo tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz 
 % sudo rm -rf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz  % sudo rm -rf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz 
- 
 </sxh> </sxh>
  
-  * Le dossier ''/opt/bio/sources/ncbi-blast-2.15.0+'' ou ''/opt/bio/sources/ncbi-blast-2.13.0+'' devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''. +  * Le dossier ''/opt/bio/sources/ncbi-blast-2.16.0+'' ou ''/opt/bio/sources/ncbi-blast-2.13.0+'' devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''. 
- +<sxh bash>  
-<sxh bash> % sudo chown -R root:root ./ncbi-blast-2.13.0+ % sudo chmod -R 755 ./ncbi-blast-2.13.0+ </sxh>+# Par exemple: 
 +% sudo chown -R root:root ./ncbi-blast-2.13.0+  
 +% sudo chmod -R 755 ./ncbi-blast-2.13.0+ </sxh>
  
   * Il faut modifier la variable ''$PATH''  en modifiant le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''. À la **toute fin du fichier**, il vous faut ajouter les lignes suivantes avec l'éditeur de votre choix en ''sudo'':   * Il faut modifier la variable ''$PATH''  en modifiant le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''. À la **toute fin du fichier**, il vous faut ajouter les lignes suivantes avec l'éditeur de votre choix en ''sudo'':
  
 <sxh bash>  <sxh bash> 
-# Par ex pour un processeur ARM64+# Par exemple, pour un processeur ARM64
 #  # 
 # BLAST specific environment variables  # BLAST specific environment variables