Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:sratoolkit_311 [2025/02/03 14:01] – [Procédure] foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:sratoolkit_311 [Date inconnue] (Version actuelle) – supprimée - modification externe (Date inconnue) 127.0.0.1
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-====== Instruction d'installation de SRA Tools 3.1.1 ======
-===== Librairies additionnelles =====
-Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:
-  * ''flex''
-  * ''bison''
-  * ''cmake''
-  * ''doxygen''
-  * ''git''
-  * ''libxml2-dev''
-<sxh bash>
-% sudo apt install -y bison cmake flex git lbxml2-dev
-</sxh>
-===== Procédure =====
-Pour installer SRA Tools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:
-  * On doit passer par Github pour obtenir les deux répertoires de code source nécessaire:
-<sxh bash>
-% git clone https://github.com/ncbi/ncbi-vdb.git
-% git clone https://github.com/ncbi/sra-tools.git
-</sxh>
-  * On déplace les deux répertoires obtenus dans ''/opt/bio/sources'' et on s'assure que ces répertoires appartiennent à ''root'' et que les permissions sont à ''755'':
-<sxh bash>
-% sudo mv ./ncbi-vdb /opt/bio/sources
-% sudo mv ./sra-tools /opt/bio/sources
-% cd /opt/bio/sources
-% sudo chown -R root:root ./ncbi-vdb
-% sudo chmod 755 ./ncbi-vdb
-% sudo chown -R root:root ./sra-tools
-% sudo chmod 755 ./sra-tools
-</sxh>
-  * On commence par ''ncbi-vdb''... On suit la valse classique:
-<sxh bash>
-% cd ./ncbi-vdb
-% sudo ./configure --prefix=`pwd` --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
-</sxh>
-  * Ensuite avec SRA Tools, c'est pas mal pareil:
-<sxh bash>
-% cd ../sra-tools
-% sudo ./configure --prefix=`pwd` --with-ncbi-vdb-prefix=/opt/bio/sources/ncbi-vdb --build-prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install
-</sxh>
-  * Pour rendre les utilitaires ''sra-tools'', il faut faire ceci modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes:
-<sxh bash>
-#
-# SAMTools specific environment variable
-#
-export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/sra-tools/bin
-</sxh>