Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:spades_400 [2024/11/22 09:44] – [Procédure d'installation] foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:spades_400 [2025/05/18 15:09] (Version actuelle) – supprimée foisys
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-====== Installation de SPAdes 4.0. ======
-===== Libraries additionnelles =====
-  * Il faut s'assurer d'avoir les libraries suivantes:
-    * ''g++'' (déjà disponible car le meta-package ''build-essential'' le contient)
-    * ''cmake''
-    * ''zlib1g-dev''
-    * ''libbz2-dev''
-<sxh bash>
-% sudo apt-get install cmake zlib1g-dev libbz2-dev
-</sxh>
-  * Il faut aussi avoir une version de Python supérieure à 3.8 mais sur une installation Impilo basée sur Ubuntu 24.04, ce n'est pas un problème.
-===== Procédure d'installation =====
-  * En premier lieu, il faut se placer dans ''/opt/bio/sources'', télécharger l'archive du code source et la décompresser:
-<sxh bash>
-% cd /opt/bio/sources
-% sudo curl -L -o SPAdes-4.0.0.tar.gz  https://github.com/ablab/spades/archive/refs/tags/v4.0.0.tar.gz
-% sudo tar -zxvf SPAdes-4.0.0.tar.gz
-% sudo rm -rf SPAdes-4.0.0.tar.gz
-</sxh>
-  * Deuxièmement, le répertoire ''spades-4.0.0''  doit appartenir à ''root''  et ses permissions doivent être ''755'':
-<sxh bash>
-% sudo chown -R root:root ./spades-4.0.0
-% sudo chmod 755 ./spades-4.0.0
-</sxh>
-  * Les développeurs ont inclus un script de compilation qui s'occupe de tout:
-<sxh bash>
-% cd ./spades-4.0.0
-% sudo ./spades_compile.sh
-</sxh>
-  * Pour tester votre installation (notez cependant que si vous avez peu de mémoire vive, le test va planté...):
-<sxh bash>
-# Retournez dans votre $HOME
-% cd
-# Exécutez le test interne de SPAdes
-% /opt/bio/sources/spades-4.0.0/bin/spades.py --test
-</sxh>
-  * Pour simplifier notre existence:
-<sxh bash>
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/spades-4.0.0/bin/spades.py /opt/bio/sources/spades-4.0.0/bin/spades
-</sxh>
-  * Il reste à éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:
-<sxh bash>
-#
-# SPAdes specific environment variable
-#
-export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/spades-4.0.0/bin
-</sxh>