Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:salmon_1101 [2024/07/27 12:34] – [Procédure] foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:salmon_1101 [2024/07/27 12:45] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
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+====== Installation de Salmon 1.10.1 ======
+Des changements dans l'environnement de développement+compilation oblige le changement de certains fichiers source pour permettre une compilation réussie...
+===== Librairies additionnelles =====
+  * Il faut commencer par s'assurer que la librairie ''build-essential''  soit déjà installé.
+  * Il faut installer un compilateur supplémentaire, ''cmake'', en plus de ''make'', ainsi que les librairies suivantes (certaines le sont probablement déjà mais dans un tel cas, on aura une mise à jour):
+      * ''libboost-dev''
+      * ''libboost-filesystem-dev''
+      * ''libboost-iostreams-dev''
+      * ''libboost-program-options-dev''
+      * ''libboost-chrono-dev''
+      * ''libboost-system-dev''
+      * ''libboost-timer-dev''
+      * ''libbz2-dev''
+      * ''libcurl4-openssl-dev''
+      * ''libjemalloc-dev''
+      * ''libjs-sphinxdoc''
+      * ''liblzma-dev''
+      * ''libcereal-dev''
+      * ''libcurl4-openssl-dev''
+      * ''libtbb-dev''
+      * ''libzstd-dev''
+      * ''pkg-config''
+      * ''zlib1g-dev''
+<sxh bash>
+% sudo apt install cmake libboost-dev libboost-chrono-dev libboost-filesystem-dev libboost-iostreams-dev libboost-program-options-dev libboost-chrono-dev libboost-system-dev libboost-timer-dev libbz2-dev libcurl4-openssl-dev libjemalloc-dev liblzma-dev libcereal-dev libtbb-dev libzstd-dev pkg-config zlib1g-dev
+</sxh>
+===== Procédure =====
+Voici la procédure suivi pour l'installation de Salmon à partir du code source:
+  * L'archive a été téléchargé du site web sous ''/opt/bio/sources/''  et décompressé.
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -o salmon.v1.10.1.tar.gz [[https://github.com/COMBINE-lab/salmon/archive/refs/tags/v1.10.1.tar.gz|https://github.com/COMBINE-lab/salmon/archive/refs/tags/v1.10.1.tar.gz]]
+% sudo tar -zxvf salmon.v1.10.1.tar.gz
+% sudo rm -rf salmon.v1.10.1.tar.gz</sxh>
+  * Le dossier ''salmon-1.10.1''  devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ./salmon-1.10.1
+% sudo chmod 755 ./salmon-1.10.1
+</sxh>
+  * Avant de continuer, il nous faut ajouter une ligne dans certaines fichiers... Le premier de ces fichiers est ''salmon-1.10.1/include/SalmonConfig.hpp'' qu'on ouvre avec "nano" pour faire la modification:
+<sxh bash>
+% cd ./salmon-1.10.1
+% nano ./include/salmonConfig.hpp
+#
+# On change la ligne suivante:
+#
+#include <string>
+#
+# ... pour ceci:
+#
+#include <string>
+#include <cstdint>
+</sxh>
+  * le deuxième fichier à modifier est ''salmon-1.10.1/include/SalmonExceptions.hpp'':
+<sxh bash>
+% nano ./include/salmonConfig.hpp
+#
+# On change les lignes suivantes:
+#
+#include <sstream>
+#include <stdexcept>
+#
+# ... pour ceci:
+#
+#include <sstream>
+#include <stdexcept>
+#include <cstdint>
+</sxh>
+  * Comme on se retrouve toujours dans le dossier ''salmon-1.10.1'', on effectue la compilation simplement:
+<sxh bash>
+# Sur serveur réel ou MV en architecture x86_64:
+% sudo cmake -DNO_IPO=TRUE -DBOOST_ROOT=/usr/lib/x86_64-linux-gnu -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=`pwd`
+# Si vous êtes sur un RPi:
+% sudo cmake -DNO_IPO=TRUE -DBOOST_ROOT=/usr/lib/aarch64-linux-gnu -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=`pwd`
+# Les prochaines étapes vont prendre un certain temps…
+% sudo make && sudo make install
+</sxh>
+  * Il faut éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes à la toute fin:
+<sxh bash>
+#
+# Salmon specific environment variables
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/salmon-1.10.1/bin
+export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/bio/sources/salmon-1.10.1/lib
+</sxh>