Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:mafft_7525 [2025/05/22 14:01] – foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:mafft_7525 [2025/05/22 14:12] (Version actuelle) – supprimée foisys
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-====== Installation de MAFFT 7.525 ======
-===== Librairies additionnelles =====
-Aucune librairie additionnelle est nécessaire.
-===== Procédure =====
-Voici la procédure suivi pour l'installation de MAFFT à partir du code source:
-  * L'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé:
-<sxh bash> % cd /opt/bio/sources % sudo curl -L -O [[https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.525-with-extensions-src.tgz|https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.525-with-extensions-src.tgz]] % sudo tar -zxvf mafft-7.525-with-extensions-src.tgz % sudo rm mafft-7.525-with-extensions-src.tgz </sxh>
-  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
-<sxh bash> % sudo chown -R root:root ./mafft-7.525-with-extensions % sudo chmod -R 755 ./mafft-7.525-with-extensions </sxh>
-  * Il faut modifier quelques lignes dans les deux fichiers ''Makefile''  qui se trouvent dans ''/opt/bio/sources/mafft-7.505-with-extensions/core''  et ''/opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions/extensions''. Dans les ceux cas, la ligne originale:
-<sxh bash> PREFIX = /usr/local </sxh>
-devient la ligne suivante:
-<sxh bash> PREFIX = /opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions </sxh>
-  * On se retrouve dans le dossier ''mafft-7.525-with-extensions'', la compilation se fait alors facilement:
-<sxh bash> % cd extensions // make install est nécessaire pour que le script mafft soit créer % sudo make && sudo make install % cd ../core % sudo make clean % sudo make && make install </sxh> * Il faut ajouter ces lignes dans le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  pour que les applications soient sur le ''$PATH'': <sxh> # # MAFFT specific environment variables # export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/mafft-7.525-with-extensions/bin </sxh> //