Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:igv_2174 [2024/07/12 15:31] – créée foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:igv_2174 [2024/07/12 15:35] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
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+====== Installation de IGV 2.17.4 ======
+===== Librairies additionnelles =====
+Java, déjà installé si vous avez [[fr:install:dev_app_select|suivi cette recette]].
+===== Procédure =====
+Voici la procédure suivi pour l'installation de IGV:
+  * Il faut télécharger l'archive sans Java du site web et la décompresser sous ''/opt/bio/sources''
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -O https://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.17/IGV_2.17.4.zip
+% sudo unzip IGV_2.17.4.zip
+</sxh>
+  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ./IGV_2.17.4
+% sudo chmod 755 ./IGV_2.17.4
+</sxh>
+  * Pour rendre l'application un peu plus conviviale:
+<sxh bash>
+% sudo ln -s /opt/bio/source/IGV_2.17.4/igv.sh /opt/bio/source/IGV_2.17.4/runIGV
+% sudo ln -s /opt/bio/source/IGV_2.17.4/igvtools /opt/bio/source/IGV_2.17.4/runIGVTools
+% sudo ln -s /opt/bio/source/IGV_2.17.4/igvtools_gui /opt/bio/source/IGV_2.17.4/runIGVTools_gui
+</sxh>
+  * Il reste à rendre les outils de IGV disponible pour tous en éditant le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant à la toute fin les lignes suivantes:
+<sxh bash>
+#
+# Artemis specific environment variables
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/IGV_2.17.4
+</sxh>
+  * IGV devient accessible simplement avec la commande suivante:
+<sxh bash>
+% runIGV
+</sxh>
+  * Pour ajouter les outils d'Artemis dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
+      * Plus à venir…