Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:emboss_660 [2025/05/01 08:15] – [Procédure] foisysfr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:emboss_660 [2025/05/01 08:20] (Version actuelle) – [Annexe: Installation des applications EMBASSY] foisys
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 ===== Annexe: Installation des applications EMBASSY ===== ===== Annexe: Installation des applications EMBASSY =====
  
-  * Assurez vous d'être dans le répertoire racine pour EMBOSS 6.6.0 et créez un répertoire appellé ''embassy'', avec les mêmes permissions que le répertoire racine et plongez-y:+  * Notez bien que les étapes qui suivent doivent être effectuées **avant**  la compilation de EMBOSS.
  
 +  * Assurez vous d'être dans le répertoire racine pour EMBOSS 6.6.0 et créez un répertoire appellé ''embassy'', avec les mêmes permissions que le répertoire racine et plongez-y:
 <sxh bash>  <sxh bash> 
 % cd /opt/bio/sources/emboss-6.6.0  % cd /opt/bio/sources/emboss-6.6.0 
 % mkdir embassy  % mkdir embassy 
-% sudo chown -R root:root ./embassy w+% sudo chown -R root:root ./embassy
 % cd embassy  % cd embassy 
 </sxh> </sxh>
  
   * Les applications EMBASSY peuvent être obtenu du site suivant: [[ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/|ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/]]. Voici la liste des applications EMBASSY actuellement disponibles:   * Les applications EMBASSY peuvent être obtenu du site suivant: [[ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/|ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/]]. Voici la liste des applications EMBASSY actuellement disponibles:
- 
       * ''CBSTOOLS-1.0.0.650.tar.gz''       * ''CBSTOOLS-1.0.0.650.tar.gz''
       * ''CLUSTALOMEGA-1.1.0.tar.gz''       * ''CLUSTALOMEGA-1.1.0.tar.gz''
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 <sxh bash>  <sxh bash> 
-% wget ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/CBSTOOLS-1.0.0.650.tar.gz  
 #  # 
-# Faites de meme pour toutes les autres applications EMBASSY +# Faites de meme pour toutes les autres applications EMBASSY...  
 +#  
 +% sudo curl -L -O ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/CBSTOOLS-1.0.0.650.tar.gz 
 #  # 
 # Utiliser le shell pour décomprimer le tout…  # Utiliser le shell pour décomprimer le tout… 
 +#
 % for i in `ls`; do sudo tar -zxvf $i && sudo rm $i;done  % for i in `ls`; do sudo tar -zxvf $i && sudo rm $i;done 
 </sxh> </sxh>
Ligne 233: Ligne 235:
 % for i in in `ls`; do cd $i && sudo ./configure –with-x –enable-64 –prefix=/opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0 && sudo make && sudo make install && cd ..;done  % for i in in `ls`; do cd $i && sudo ./configure –with-x –enable-64 –prefix=/opt/bio/sources/EMBOSS-6.6.0 && sudo make && sudo make install && cd ..;done 
 </sxh> </sxh>
- 
-  * Notez bien que ces étapes doivent être effectuées **avant**  la compilation de EMBOSS. 
-