Différences

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fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:clustalw_21 [2024/07/11 15:38] – créée - modification externe 127.0.0.1fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:clustalw_21 [2024/07/11 16:07] (Version actuelle) – créée foisys
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 +====== Installation de CLUSTALW 2.1 ======
 +
 +===== Librairies additionnelles =====
 +
 +  * Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire pour cette installation.
 +
 +===== Procédure =====
 +
 +Voici la procédure suivi pour l'installation de CLUSTALW à partir du code source:
 +
 +    * L'archive du code source a été téléchargé du site web sous ''/opt/bio/sources/'' et décompressé.
 +<sxh bash>
 +% cd /opt/bio/sources
 +% sudo curl -L -O http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1.tar.gz
 +% sudo tar -zxvf clustalw-2.1.tar.gz
 +% sudo rm -rf clustalw-2.1.tar.gz
 +</sxh>
 +
 +    * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
 +<sxh bash>
 +% sudo chown -R root:root ./clustalw-2.1
 +% sudo chmod 755 ./clustalw-2.1
 +</sxh>
 +
 +    * SI vous êtes sur la plateforme Raspberry Pi, il faut faire les commandes suivantes **avant** de procéder en mettant à jour deux fichiers pour que la commande ''./configure'' puisse fonctionner:
 +<sxh bash>
 +% cd ./clustalw-2.1
 +% sudo curl -L -o config.guess "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.guess;hb=HEAD"
 +% sudo curl -L -o config.sub "http://git.savannah.gnu.org/gitweb/?p=config.git;a=blob_plain;f=config.sub;hb=HEAD"
 +</sxh>
 +
 +
 +    * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''./clustalw-2.1'', la compilation se fait simplement:
 +
 +<sxh bash>
 +% cd ./clustalw-2.1
 +% sudo ./configure --prefix=/opt/bio/sources/clustalw-2.1 && sudo make && sudo make install
 +</sxh>
 +
 +    * La commande ''sudo make install'' crée un répertoire ''/opt/bio/sources/clustalw-2.1/bin'' qui contient les exécutables; il faut éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en y ajoutant ces lignes à la toute fin:
 +
 +<sxh bash>
 +#
 +# ClustalW2 specific environment variables
 +#
 +export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/clustalw-2.1/bin
 +</sxh>