Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:bedtools_2311 [2024/07/29 17:03] – créée foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:24_04_a24_build:bedtools_2311 [2024/07/29 17:26] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
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+====== Installation de Bedtools 2.31.1 ======
+===== Libraries additionnelles =====
+Les librairies suivantes sont nécessaires afin de compiler EMBOSS et les applications EMBASSY avec succès:
+  * ''libbz2-dev''
+  * ''python-is-python3''
+<sxh bash>
+% sudo apt install --no-install-recommends libbz2-dev python-is-python3
+</sxh>
+===== Procédure =====
+  * Il faut aller chercher le code source sur GitHub:
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -o bedtools2.v2.31.1.tar.gz https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/refs/tags/v2.31.1.tar.gz
+% sudo tar -zxvf bedtools2.v2.31.1.tar.gz
+% sudo rm -rf bedtools2.v2.31.1.tar.gz
+</sxh>
+  * Il faut s'assurer que le répertoire ''bedtools2'' appartient à ''root'' avec les bonnes permissions:
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ./bedtools2-2.31.1
+% sudo chmod 755 ./bedtools2-2.31.1
+</sxh>
+  * Avant de continuer, il nous faut ajouter une ligne dans le fichier est ''bedtools2-2.31.1/src/utils/general/ParseTools.h'' qu'on ouvre avec "nano" pour faire la modification:
+<sxh bash>
+% cd ./bedtools2-2.31.1
+% nano ./src/utils/general/ParseTools.h
+#
+# On change les lignes suivantes:
+#
+#include <cstring> //for memset
+#include <limits>
+#include <string>
+#include <algorithm>
+#include <vector>
+#include "string.h"
+#include <cstdio>
+#include <cstdlib>
+#
+# ... pour ceci:
+#
+#include <cstring> //for memset
+#include <limits>
+#include <string>
+#include <algorithm>
+#include <vector>
+#include "string.h"
+#include <cstdio>
+#include <cstdlib>
+#include <cstdint>
+</sxh>
+  * On procède à la compilation grâce à la commande ''make''.
+<sxh bash>
+% cd bedtools2-2.31.1
+% sudo make
+</sxh>
+  * Pour accéder au programme, on modifie le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' pour y ajouter les lignes suivantes:
+<sxh bash>
+#
+# Bedtools specific environment variables
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/bedtools2-2.31.1/bin
+</sxh>