Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:22_04_a23_build:subread_206 [2023/06/20 16:17] – créée foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:22_04_a23_build:subread_206 [2023/06/20 16:22] (Version actuelle) – [Procédure] foisys
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+====== Installation de Subread 2.0.6 ======
+===== Librairies additionnelles =====
+  * Aucune librairie additionnelle n'est nécessaire.
+===== Procédure =====
+Voici la procédure suivi pour l'installation du package Subread à partir du code source:
+  * L'archive du code source a été téléchargé du site web sous ''/opt/bio/sources/''  et décompressé.
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -o subread-2.0.6-source.tar.gz https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.6/subread-2.0.6-source.tar.gz/download
+% sudo tar -zxvf subread-2.0.6-source.tar.gz
+% sudo rm -rf subread-2.0.6-source.tar.gz
+</sxh>
+  * Le dossier ''subread-2.0.6-source''  devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ./subread-2.0.6-source
+% sudo chmod 755 ./subread-2.0.6-source
+</sxh>
+  * Si nous êtes sur un ordinateur ARM64 (comme un RPi), on doit faire des modifications au fichier ''Makefile.Linux'' qui se trouve dans le répertoire ''src'':
+<sxh bash>
+% cd ./subread-2.0.6-source/src
+% sudo sed -i 's/-mtune=core2/-mtune=cortex-a72/g' Makefile.Linux
+% sudo sed -i 's/-mtune=core2/-mtune=cortex-a72/g' ./longread-one/Makefile
+</sxh>
+  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''subread-2.0.6-source'', la compilation se fait simplement:
+<sxh bash>
+% sudo make -f Makefile.Linux
+</sxh>
+  * Il faut éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes à la toute fin:
+<sxh bash>
+#
+# Subread specific environment variables
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/subread-2.0.6-source/bin
+</sxh>