Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:22_04_a23_build:samtools_117 [2023/06/21 15:26] – créée foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:22_04_a23_build:samtools_117 [2025/02/03 13:02] (Version actuelle) – foisys
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+====== Instruction d'installation de SAMtools 1.17 ======
+===== Librairies additionnelles =====
+Il faut installer la/les librairie(s) suivant(e)s:
+  * ''libncurses-dev''
+  * ''libbz2-dev''<sxh bash> % sudo apt-get install -y libncurses-dev libbz2-dev </sxh>
+===== Procédure =====
+Pour installer SAMtools à partir du code source, il vous faut suivre la recette suivante:
+  * L'archive contenant le code source a été téléchargé à partir du site web et décompressée sous ''/opt/bio/sources'':
+<sxh bash> % cd /opt/bio/sources % sudo curl -L -O [[https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2|https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2]] % sudo tar -jxvf samtools-1.17.tar.bz2 % sudo rm -rf samtools-1.17.tar.bz2 </sxh>
+  * On s'assure que le répertoire ''samtools-1.17''  appartient à ''root''  et que ces permissions sont à ''755'':
+<sxh bash> % sudo chown -R root:root ./samtools-1.17 % sudo chmod 755 ./samtools-1.17 </sxh>
+  * Une fois dans le répertoire, la compilation est facile:
+<sxh bash> % cd ./samtools-1.17 % sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install % cd ./htslib-1.17 % sudo ./configure –prefix=`pwd` && sudo make && sudo make install </sxh>
+  * Pour rendre ''samtools''  et les utilitaires de ''htslib''  disponibles à tous, il faut faire ceci modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes:
+<sxh bash> # # SAMTools specific environment variable # export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.17/bin export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/samtools-1.17/htslib-1.17/bin </sxh>