Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:22_04_a23_build:r_421 [2023/06/20 17:21] – créée foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:22_04_a23_build:r_421 [2023/06/20 17:25] (Version actuelle) – [Annexe: Installation d'une interface graphique à R] foisys
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+====== Installation de R 4.3.1 ======
+===== Librairies additionnelles =====
+  * Il vous faudra les librairies suivantes:
+    * ''gfortran''
+    * ''libreadline6-dev''
+    * ''libpng-dev''
+    * ''libtiff5-dev''
+    * ''libjpeg8-dev''
+    * ''libcairo2-dev''
+    * ''libxt-dev''
+    * ''xorg-dev''
+    * ''tcl-dev''
+    * ''tk-dev''
+    * ''texinfo''
+    * ''texlive''
+    * ''texlive-fonts-extra''
+    * ''libblas-dev''
+<sxh bash>
+% sudo apt-get --no-install-recommends install gfortran libreadline6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg8-dev libcairo2-dev libxt-dev xorg-dev tcl-dev tk-dev texinfo texlive texlive-fonts-extra libblas-dev
+</sxh>
+  * Mais j'ai aussi trouvé un raccourci pour tout cela: Ubuntu à un package appelé ''r-base-dev'' pour permettre l'installation de modules R à partir de leur code source. Il suffit alors d'installer les dépendances de ce package pour avoir notre chaine de librairies nécessaire. Ceci vous facilitera l'existence aussi pour l'installation de nouveaux modules:
+<sxh>
+% sudo apt-get build-dep r-base-dev
+</sxh>
+  * Et si vous tentez la chose, ça ne fonctionnera pas...
+<sxh bash>
+E: You must put some 'deb-src' URIs in your sources.list
+</sxh>
+  * Il faut aller éditer le fichier ''/etc/apt/sources.list'' et décommenter toutes les lignes qui commencent par ''deb-src''. Avant d'utiliser la ligne précédente, il faudra faire ceci:
+<sxh>
+% sudo apt-get update
+</sxh>
+===== Procédure =====
+==== Installation de R ====
+  * Source ou package? Dans le cas de R, c'est vraiment une bonne question à se poser car même si la philosophie de Impilo est de partir du source, R est un cas particulier vu sa complexité et le fait que plusieurs autres composantes retrouvées dans Impilo dépendent d'avoir R correctement installé… Cependant, construire à partir du code source est vraiment facile :-)
+  * En premier lieu, il faut se placer dans ''/opt/bio/sources'', télécharger l'archive du code source et la décompresser:
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -O https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.3.1.tar.gz
+% sudo tar -zxvf R-4.3.1.tar.gz
+% sudo rm -rf mv R-4.3.1.tar.gz
+</sxh>
+  * Deuxièmement, le répertoire ''R-4.3.1''  doit appartenir à ''root''  et ses permissions doivent être ''755'':
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ./R-4.3.1
+% sudo chmod 755 ./R-4.3.1
+</sxh>
+  * La compilation est simple:
+<sxh bash>
+% cd ./R-4.3.1
+% sudo ./configure --prefix=`pwd` --enable-R-shlib && sudo make && sudo make install
+</sxh>
+  * Il reste à éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' en ajoutant ces lignes à la toute fin du fichier:
+<sxh bash>
+#
+# R specific environment variable
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/R-4.3.1/bin
+</sxh>
+==== Annexe: Installation de IRkernel permettant à Jupyter et R de communiquer ====
+Le module ''IRkernel'' installé avec R est nécessaire pour pouvoir avoir une communication entre R et l'interface Jupyter Lab. Pour le faire, c'est très simple:
+<sxh bash>
+% R -e "install.packages('IRkernel',repos='https://muug.ca/mirror/cran')
+</sxh>
+==== Annexe: Installation d'une interface graphique à R ====
+**NOTE:** RStudio n'est pas disponible pour la plateforme ARM64.
+Il existe plusieurs interfaces graphiques pour R et mon choix s'est porté sur [[http://www.rstudio.org|RStudio]]. Pour installer RStudio, suivez simplement cette procédure:
+  * Téléchargez le fichier ''.deb'' dans votre répertoire maison:
+<sxh bash>
+% cd
+% curl -L -O https://download1.rstudio.org/electron/jammy/amd64/rstudio-2023.06.0-421-amd64.deb
+</sxh>
+  * RStudio a une dépendance pour son installation:
+<sxh bash>
+% sudo apt-get install libclang-dev
+</sxh>
+  * Installer ''rstudio'' via ''dpkg'' et effacer le fichier ''.deb'':
+<sxh bash>
+% sudo dpkg -i rstudio-2023.06.0-421-amd64.deb
+% rm -rf rstudio-2023.06.0-421-amd64.deb
+</sxh>
+  * RStudio devrait maintenant être disponible:
+<sxh bash>
+% rstudio
+</sxh>
+  * Prenez note no. 1: il faut avoir modifier le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' et exécuter le commande suivante pour que RStudio puisse fonctionné:
+<sxh bash>
+% source /etc/profile.d/impilo.sh
+</sxh>
+  * Prenez note no. 2: comme RStudio est une application graphique, il faut être dans un desktop Xfce ou bien invoquer RStudio via un terminal X. Sous Xfce, il se trouvera dans le menu //Development//.
+  * Pour effacer RStudio, utilisez également ''dpkg'':
+<sxh bash>
+% sudo dpkg --purge rstudio-2023.06.0-421-amd64.deb
+</sxh>