Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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fr:install:bin_app_repository:22_04_a23_build:hisat2_221 [2021/07/02 14:25] – créée - modification externe 127.0.0.1fr:install:bin_app_repository:22_04_a23_build:hisat2_221 [2025/05/18 15:07] (Version actuelle) – supprimée foisys
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-====== Installation de HISAT 2 2.2.1 ====== 
  
-===== Librairies additionnelles =====  
- 
-  * Aucune librairie supplémentaire n'est nécessaire. 
-  * Comme on n'utilise pas ''ncbi-ngs'', il est impossible d'accéder aux archives SRA pour extraire des fichiers de séquences. 
- 
-===== Procédure ===== 
- 
-Voici la procédure suivi pour l'installation de Bowtie2 à partir du code source: 
- 
-  * Sous ''/opt/bio/sources'', l'archive du code source a été téléchargé du site web et décompressé. 
- 
-<sxh bash> 
-% cd /opt/bio/sources 
-% sudo curl -L -o hisat2-2.2.1.zip https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hisat2-221-source/download 
-% sudo unzip hisat2-2.2.1.zip 
-% sudo rm hisat2-2.2.1.zip 
-</sxh> 
- 
-  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''. 
- 
-<sxh bash> 
-% sudo chown -R root:root ./hisat2-2.2.1 
-% sudo chmod 755 ./hisat2-2.2.1 
-</sxh> 
- 
-  * La compilation se fait simplement: 
- 
-<sxh bash> 
-% cd hisat2-2.2.1 
-% sudo make 
-</sxh> 
- 
-  * Pour une utilisation par tout ceux qui pourrait l'utiliser, simplement créer un répertoire ''bin'' dans ''hisat2-2.2.1'', créer un lien symbolique pour les nouvelles applications crées: 
-<sxh bash> 
-% sudo mkdir ./bin 
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2 /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2 
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-align-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-align-l 
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-align-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-align-s 
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build 
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build-l 
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-build-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-build-s 
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect 
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect-l /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect-l 
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/hisat2-inspect-s /opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin/hisat2-inspect-s 
-</sxh> 
- 
-  * Finalement, ajouter ces lignes à la fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'' 
-<sxh bash> 
-# 
-# HISAT 2 specific environment variable 
-# 
-export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/hisat2-2.2.1/bin 
-</sxh>