Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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fr:install:bin_app_repository:20_04_a20_build:strap_210620 [2021/05/29 15:35] – modification externe 127.0.0.1fr:install:bin_app_repository:20_04_a20_build:strap_210620 [2025/05/22 16:03] (Version actuelle) – supprimée foisys
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-====== Installation de STRAP Compilation 21.06.2020 ====== 
  
-===== Librairies additionnelles =====  
- 
-  * Java, déjà installé. 
- 
-===== Procédure ===== 
- 
-Voici la procédure suivi pour l'installation de STRAP: 
- 
-  * STRAP est distribué sous la forme d'une archive JAR, prêt à exécuter. On se dirige vers ''/opt/bio/sources'' et on crée un répertoire ''strap_align'' et on s'y dirige. 
- 
-<sxh bash> 
-% cd /opt/bio/sources 
-% sudo mkdir strap_align && cd ./strap_align 
-% sudo wget http://www.bioinformatics.org/strap/install2/strap-linux-unix.zip 
-% sudo unzip strap-linux-unix.zip  
-% sudo rm -rf strap-linux-unix.zip 
-</sxh> 
- 
-  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''. 
- 
-<sxh bash> 
-% sudo chown -R root:root /opt/bio/sources/strap_align 
-% sudo chmod 755 /opt/bio/sources/strap_align 
-</sxh> 
- 
-  * Il faut modifier un peu le fichier ''strap.sh'' avant d'utiliser le logiciel. La ligne suivante: 
- 
-<sxh bash> 
-dotsa=~/.StrapAlign 
-</sxh> 
- 
-devient 
- 
-<sxh bash> 
-dotsa=/opt/bio/sources/strap_align 
-</sxh> 
- 
-  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''/opt/bio/sources/strap_align'', le script ''strap.sh'' est l'application car il est exécutable: 
-<sxh bash> 
-% sudo mkdir ./bin 
-% sudo ln -s /opt/bio/sources/strap_align/strap.sh /opt/bio/sources/strap_align/bin/strap 
-</sxh> 
-  
-  * Il faut rendre ce script disponible pour tous en ajoutant les lignes suivantes à la toute fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'': 
-<sxh bash> 
-# 
-# STRAP specific environment variables 
-# 
-export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/strap_align/bin 
-</sxh> 
- 
-  * Pour ajouter STRAP dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4: 
-    * Plus à venir...