Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:20_04_a20_build:strap_210620 [2020/06/26 11:37] – créée foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:20_04_a20_build:strap_210620 [2021/05/29 15:35] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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+====== Installation de STRAP Compilation 21.06.2020 ======
+===== Librairies additionnelles =====
+  * Java, déjà installé.
+===== Procédure =====
+Voici la procédure suivi pour l'installation de STRAP:
+  * STRAP est distribué sous la forme d'une archive JAR, prêt à exécuter. On se dirige vers ''/opt/bio/sources'' et on crée un répertoire ''strap_align'' et on s'y dirige.
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo mkdir strap_align && cd ./strap_align
+% sudo wget http://www.bioinformatics.org/strap/install2/strap-linux-unix.zip
+% sudo unzip strap-linux-unix.zip
+% sudo rm -rf strap-linux-unix.zip
+</sxh>
+  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root /opt/bio/sources/strap_align
+% sudo chmod 755 /opt/bio/sources/strap_align
+</sxh>
+  * Il faut modifier un peu le fichier ''strap.sh'' avant d'utiliser le logiciel. La ligne suivante:
+<sxh bash>
+dotsa=~/.StrapAlign
+</sxh>
+devient
+<sxh bash>
+dotsa=/opt/bio/sources/strap_align
+</sxh>
+  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''/opt/bio/sources/strap_align'', le script ''strap.sh'' est l'application car il est exécutable:
+<sxh bash>
+% sudo mkdir ./bin
+% sudo ln -s /opt/bio/sources/strap_align/strap.sh /opt/bio/sources/strap_align/bin/strap
+</sxh>
+  * Il faut rendre ce script disponible pour tous en ajoutant les lignes suivantes à la toute fin du fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh'':
+<sxh bash>
+#
+# STRAP specific environment variables
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/strap_align/bin
+</sxh>
+  * Pour ajouter STRAP dans le menu des applications Impilo, il faut modifier le fichier de configuration de Xfce4:
+    * Plus à venir...