Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:install:bin_app_repository:20_04_a20_build:clustalx_21 [2020/05/25 08:24] – [Librairies additionnelles] foisys
+++ fr:install:bin_app_repository:20_04_a20_build:clustalx_21 [2021/05/29 15:35] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
+====== Installation de CLUSTALX 2.1 ======
+<note>Dans le moment, ''clustalx'' ne se compile pas sur Ubuntu 20.04... On recherche la solution.</note>
+===== Librairies additionnelles =====
+Les libraries suivantes sont requises:
+  * ''qtbase5-dev''
+  * ''qtbase5-dev-tools''
+  * ''qttools5-dev-tools''
+<sxh bash>
+% sudo apt-get -y –no-install-recommends install qtbase5-dev qtbase5-dev-tools qttools5-dev-tools
+</sxh>
+===== Procédure =====
+Voici la procédure suivi pour l'installation de CLUSTALX à partir du code source:
+  * L'archive du code source a été téléchargé du site web sous ''/opt/bio/sources''  et décompressé.
+<sxh bash>
+% cd /opt/bio/sources
+% sudo curl -L -O http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.1.tar.gz
+% sudo tar -zxvf clustalx-2.1.tar.gz
+% sudo rm -rf clustalx-2.1.tar.gz
+</sxh>
+  * Ce dossier devrait appartenir à ''root''. Les permissions de ce dossier devraient être ''755''.
+<sxh bash>
+% sudo chown -R root:root ./clustalx-2.1
+% sudo chmod 755 ./clustalx-2.1
+</sxh>
+  * Une fois qu'on se retrouve dans le dossier ''/opt/bio/sources/clustalx-2.1'', il faut des fichiers supplémentaires pour permettre la compilation. Ubuntu 20.04 ne procure plus la version 4 mais plutôt la version 5 de la librairie graphique Qt. Il est donc nécessaire de corriger certains des fichiers du code source. On utilisera donc un outil de correction, ''patch'', et des fichiers de correction qui sont disponibles grâce au travail de [[https://www.debian.org/devel/debian-med/|Debian Med]] :
+<sxh bash>
+% cd ./clustalx-2.1
+% sudo curl -L -O https://sources.debian.org/data/main/c/clustalx/2.1+lgpl-8/debian/patches/qt5.patch
+% sudo patch < qt5.patch
+% sudo rm qt5.patch
+</sxh>
+  * La compilation se fait maintenant très simplement en générant le fichier ''Makefile'' via Qt en premier.
+<sxh bash>
+% sudo qmake && sudo make
+</sxh>
+  * Un problème se présente parfois durant le processus de compilation où ''make''  se plaint que les fichiers ''moc*cpp''  sont créer par la mauvaise version de Qt. Si cela arrive, la procédure est simple:
+<sxh>
+% sudo rm moc*cpp
+% sudo make clean
+% sudo qmake && sudo make
+</sxh>
+  * ClustalX vient avec un script qui installe l'executable ainsi que les fichiers auxiliaires aux bons endroits. Créez un répertoire appelé ''/opt/bio/sources/clustalx-2.1/bin''  et dites au script que c'est l'endroit où clustalx sera situé:
+<sxh bash>
+% sudo mkdir ./bin
+% sudo ./installer
+</sxh>
+  * Il faut maintenant éditer le fichier ''/etc/profile.d/impilo.sh''  en y ajoutant ces lignes à la toute fin:
+<sxh bash>
+#
+# Clustalx2 specific environment variable
+#
+export PATH=$PATH:/opt/bio/sources/clustalx-2.1/bin
+</sxh>
+  * Il faut maintenant ajouter ClustalX2 dans le menu Impilo > Multiple Sequence Alignements:
+      * Plus à venir…
+  * Pour utiliser ClustalX2 à partir de la ligne de commande:
+<sxh bash>
+% clustalx2 &
+</sxh>