Différences
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| fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:main [2026/02/11 10:50] – foisys | fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:main [2026/02/11 10:54] (Version actuelle) – [MIse en pratique des méthodes d'analyse de l'expression génique grâce aux données utilisées par le package airway] foisys |
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| ====== MIse en pratique des méthodes d'analyse de l'expression génique grâce aux données utilisées par le package airway ====== | ====== Mise en pratique des méthodes d'analyse de l'expression génique grâce aux données utilisées par le package airway ====== |
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| ===== Introduction ===== | ===== Introduction ===== |
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| Pour appliquer ce pipeline, vous aurez besoin des outils qui se trouvent dans une distribution Impilo, particulièrement les [[..:..:..:..:install:bin_app_select#Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs|outils de séquençage de nouvelle génération]] et les [[..:..:..:..:install:bin_app_select#Transcriptomique|outils d'analyse transcriptomique]]. Vous aurez également besoin d'avoir accès à une grappe de calcul comme [[https://docs.alliancecan.ca/wiki/Rorqual|Rorqual à Calcul-Québec]] pour l'exécution de certaines tâches (surtout en pré-analyse); dans notre cas, nous utilisons une grappe Super Clafoutis [[..:..:..:..:install:clafoutis:ubuntu_cluster_install|tel que décrite sur ce site]]. Dans un cas comme dans l'autre, nous utilisons le [[https://slurm.schedmd.com/documentation.html|système de contrôle des tâches SLURM]] dans les exemples qui suivront. Finalement, vous appliquez vos connaissances de programmation en Python afin d'automatiser certaines des tâches à accomplir. | Pour appliquer ce pipeline, vous aurez besoin des outils qui se trouvent dans une distribution Impilo, particulièrement les [[..:..:..:..:install:bin_app_select#Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs|outils de séquençage de nouvelle génération]] et les [[..:..:..:..:install:bin_app_select#Transcriptomique|outils d'analyse transcriptomique]]. Vous aurez également besoin d'avoir accès à une grappe de calcul comme [[https://docs.alliancecan.ca/wiki/Rorqual|Rorqual à Calcul-Québec]] pour l'exécution de certaines tâches (surtout en pré-analyse); dans notre cas, nous utilisons une grappe Super Clafoutis [[..:..:..:..:install:clafoutis:ubuntu_cluster_install|tel que décrite sur ce site]]. Dans un cas comme dans l'autre, nous utilisons le [[https://slurm.schedmd.com/documentation.html|système de contrôle des tâches SLURM]] dans les exemples qui suivront. Finalement, vous appliquez vos connaissances de programmation en Python afin d'automatiser certaines des tâches à accomplir. |
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| | Première étape: [[0.tree_structure|construire les arborescences nécessaires pour construire les index pour les outils d'alignement ainsi que pour le projet lui-même.]] |
| ===== Références ===== | ===== Références ===== |
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| notes-separator : none | notes-separator : none |
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