Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:main [2026/02/06 10:21] – [Méthodologie] foisys | fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:main [2026/02/11 10:54] (Version actuelle) – [MIse en pratique des méthodes d'analyse de l'expression génique grâce aux données utilisées par le package airway] foisys |
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| ====== MIse en pratique des méthodes d'analyse de l'expression génique grâce aux données du package airway (R/Bioconductor) ====== | ====== Mise en pratique des méthodes d'analyse de l'expression génique grâce aux données utilisées par le package airway ====== |
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| ===== Introduction ===== | ===== Introduction ===== |
| ===== Méthodologie ===== | ===== Méthodologie ===== |
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| Pour appliquer ce pipeline, vous aurez besoin des outils qui se trouvent dans une distribution Impilo, particulièrement les outils de séquençage de nouvelle génération et les outils d'analyse transcriptomique. Vous aurez également besoin d'avoir accès à une grappe de calcul comme [[https://docs.alliancecan.ca/wiki/Rorqual|Rorqual à Calcul-Québec]] pour l'exécution de certaines tâches (surtout en pré-analyse); dans notre cas, nous utilisons une grappe Super Clafoutis [[..:..:..:..:install:clafoutis:ubuntu_cluster_install|tel que décrite sur ce site]]. Dans un cas comme dans l'autre, nous utilisons le [[https://slurm.schedmd.com/documentation.html|système de contrôle des tâches SLURM]] dans les exemples qui suivront. Finalement, vous appliquez vos connaissances de programmation en Python afin d'automatiser certaines des tâches à accomplir. | Pour appliquer ce pipeline, vous aurez besoin des outils qui se trouvent dans une distribution Impilo, particulièrement les [[..:..:..:..:install:bin_app_select#Outils de séquençage à bas et haut débit: Assembleurs|outils de séquençage de nouvelle génération]] et les [[..:..:..:..:install:bin_app_select#Transcriptomique|outils d'analyse transcriptomique]]. Vous aurez également besoin d'avoir accès à une grappe de calcul comme [[https://docs.alliancecan.ca/wiki/Rorqual|Rorqual à Calcul-Québec]] pour l'exécution de certaines tâches (surtout en pré-analyse); dans notre cas, nous utilisons une grappe Super Clafoutis [[..:..:..:..:install:clafoutis:ubuntu_cluster_install|tel que décrite sur ce site]]. Dans un cas comme dans l'autre, nous utilisons le [[https://slurm.schedmd.com/documentation.html|système de contrôle des tâches SLURM]] dans les exemples qui suivront. Finalement, vous appliquez vos connaissances de programmation en Python afin d'automatiser certaines des tâches à accomplir. |
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| | Première étape: [[0.tree_structure|construire les arborescences nécessaires pour construire les index pour les outils d'alignement ainsi que pour le projet lui-même.]] |
| ===== Références ===== | ===== Références ===== |
| <refnotes> | <refnotes> |
| notes-separator : none | notes-separator : none |
| </refnotes> | </refnotes> |