Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Prochaine révision | Révision précédente |
| fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:main [2026/01/29 16:28] – créée foisys | fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:main [2026/01/29 16:46] (Version actuelle) – [Introduction] foisys |
|---|
| ===== Introduction ===== | ===== Introduction ===== |
| |
| Le package //airway// qui se trouve dans Bioconductor est une version plus ou moins pré-mâchée des données provenant de l'article de Himes et al. intitulé //RNA-Seq transcriptome profiling identifies CRISPLD2 as a glucocorticoid responsive gene that modulates cytokine function in airway smooth muscle cells//. Dans cet article, les auteurs utilisent des lignées cellulaires primaires humaines de cellules musculaire lisses provenant des voies respiratoires de 4 individus ayant donné leurs poumons pour transplantation mais qui n'ont pu être utilisé. Après isolement des cellules, celles-ci ont été traitées avec de la dexaméthasone (agoniste du récepteur aux glucocorticoides), de l'albuterol (agoniste beta-adrénergique bronchodilatateur), un mélange des deux ou bien avec un contrôle de dilution (DMSO). | Le package //airway// qui se trouve dans Bioconductor est une version plus ou moins pré-mâchée des données provenant de l'article de Himes et al. intitulé //RNA-Seq transcriptome profiling identifies CRISPLD2 as a glucocorticoid responsive gene that modulates cytokine function in airway smooth muscle cells//[(himes_be_2014)]. Dans cet article, les auteurs utilisent des lignées cellulaires primaires humaines de cellules musculaire lisses provenant des voies respiratoires de 4 individus ayant donné leurs poumons pour transplantation mais qui n'ont pu être utilisé. Après isolement des cellules, celles-ci ont été traitées avec de la dexaméthasone (agoniste du récepteur aux glucocorticoides), de l'albuterol (agoniste beta-adrénergique bronchodilatateur), un mélange des deux ou bien avec un contrôle de dilution (DMSO). |
| |
| Pour formation, nous démarrerons directement des fichiers de séquences RNA-Seq brutes contenus dans le //Sequence Read Archive// du NCBI et créerons un pipeline d'analyse avec l'utilisation de divers outils pour parvenir à une liste des gènes différentiellement exprimés entre les diverses conditions et à une analyse fonctionnelle. | Pour formation, nous démarrerons directement des fichiers de séquences RNA-Seq brutes contenus dans le //Sequence Read Archive// du NCBI et créerons un pipeline d'analyse avec l'utilisation de divers outils pour parvenir à une liste des gènes différentiellement exprimés entre les diverses conditions et à une analyse fonctionnelle. |
| | |
| | ===== Méthodologie ===== |
| | |
| | Pour appliquer ce pipeline, vous aurez besoin des outils qui se trouvent dans une distribution Impilo, particulièrement les outils de séquençage de nouvelle génération et les outils d'analyse transcriptomique. Vous aurez également besoin d'avoir accès à une grappe de calcul comme Rorqual à Calcul Québec pour l'exécution de certaines tâches (surtout en pré-analyse); dans notre cas, nous utilisons une grappe Super Clafoutis tel que décrite sur ce site. Finalement, vous appliquez vos connaissances de programmation en Python afin d'automatiser certaines des tâches à accomplir. |
| | ===== Références ===== |
| | <refnotes> |
| | notes-separator : none |
| | </refnotes> |