Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:main [2026/02/11 10:54] – [MIse en pratique des méthodes d'analyse de l'expression génique grâce aux données utilisées par le package airway] foisys | fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:main [2026/03/24 10:22] (Version actuelle) – [Introduction] foisys |
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| ===== Introduction ===== | ===== Introduction ===== |
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| Le package //airway// qui se trouve dans Bioconductor est une version plus ou moins pré-mâchée des données provenant de l'article de Himes et al. intitulé //RNA-Seq transcriptome profiling identifies CRISPLD2 as a glucocorticoid responsive gene that modulates cytokine function in airway smooth muscle cells//[(himes_be_2014)]. Dans cet article, les auteurs utilisent des lignées cellulaires primaires humaines de cellules musculaire lisses provenant des voies respiratoires de 4 individus ayant donné leurs poumons pour transplantation mais qui n'ont pu être utilisé. Après isolement des cellules, celles-ci ont été traitées avec de la dexaméthasone (agoniste du récepteur aux glucocorticoides), de l'albuterol (agoniste beta-adrénergique bronchodilatateur), un mélange des deux ou bien avec un contrôle de dilution (DMSO). | Le package //airway// qui se trouve dans Bioconductor est une version plus ou moins pré-mâchée des données provenant de l'article de Himes et al. intitulé //RNA-Seq transcriptome profiling identifies CRISPLD2 as a glucocorticoid responsive gene that modulates cytokine function in airway smooth muscle cells//[(himes_be_2014)]. Dans cet article, les auteurs utilisent des lignées de cellules musculaires lisses primaires humaines provenant des voies respiratoires de 4 individus ayant donné leurs poumons pour transplantation mais qui n'ont pu être utilisé. Après isolement et mise en culture des cellules, celles-ci ont été traitées avec de la dexaméthasone (agoniste du récepteur aux glucocorticoides), de l'albuterol (agoniste beta-adrénergique bronchodilatateur), un mélange des deux ou bien avec un contrôle de dilution (DMSO). |
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| Pour formation, nous démarrerons directement des fichiers de séquences RNA-Seq brutes contenus dans le //Sequence Read Archive// du NCBI et créerons un pipeline d'analyse avec l'utilisation de divers outils pour parvenir à une liste des gènes différentiellement exprimés entre les diverses conditions et à une analyse fonctionnelle. | Pour formation, nous démarrerons directement des fichiers de séquences RNA-Seq brutes contenus dans le //Sequence Read Archive// du NCBI et créerons un pipeline d'analyse avec l'utilisation de divers outils pour parvenir à une liste des gènes différentiellement exprimés entre les diverses conditions et à une analyse fonctionnelle. |