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 Pour formation, nous démarrerons directement des fichiers de séquences RNA-Seq brutes contenus dans le //Sequence Read Archive// du NCBI et créerons un pipeline d'analyse avec l'utilisation de divers outils pour parvenir à une liste des gènes différentiellement exprimés entre les diverses conditions et à une analyse fonctionnelle. Pour formation, nous démarrerons directement des fichiers de séquences RNA-Seq brutes contenus dans le //Sequence Read Archive// du NCBI et créerons un pipeline d'analyse avec l'utilisation de divers outils pour parvenir à une liste des gènes différentiellement exprimés entre les diverses conditions et à une analyse fonctionnelle.
  
 +===== Méthodologie =====
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 +Pour appliquer ce pipeline, vous aurez besoin des outils qui se trouvent dans une distribution Impilo, particulièrement les outils de séquençage de nouvelle génération et les outils d'analyse transcriptomique. Vous aurez également besoin d'avoir accès à une grappe de calcul comme Rorqual à Calcul Québec pour l'exécution de certaines tâches (surtout en pré-analyse); dans notre cas, nous utilisons une grappe Super Clafoutis tel que décrite sur ce site. Finalement, vous appliquez vos connaissances de programmation en Python afin d'automatiser certaines des tâches à accomplir.
 ===== Références ===== ===== Références =====
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