Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| |
| fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:index_creation_main [2026/06/05 14:54] – [Introduction] foisys | fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:index_creation_main [2026/07/30 16:41] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 |
|---|
| Deuxième application de SLURM sur grappe de calcul: construire les index. Nous allons utiliser trois approches d'alignement: via HISAT2, via STAR et via Salmon. Dans tous les cas, créer les index pour chaque outil profite de l'usage d'une grappe de calcul: la création est accélérée par une exécution multi-fils (//multi-threaded//) et dans tous les cas, demande une très grande quantité de mémoire pour s'exécuter. Comme il faut créer les index à chaque nouvelle version de Gencode (ou de tout autre fichier d'annotation), mettre ce processus dans un script facile à éditer facilite le travail. | Deuxième application de SLURM sur grappe de calcul: construire les index. Nous allons utiliser trois approches d'alignement: via HISAT2, via STAR et via Salmon. Dans tous les cas, créer les index pour chaque outil profite de l'usage d'une grappe de calcul: la création est accélérée par une exécution multi-fils (//multi-threaded//) et dans tous les cas, demande une très grande quantité de mémoire pour s'exécuter. Comme il faut créer les index à chaque nouvelle version de Gencode (ou de tout autre fichier d'annotation), mettre ce processus dans un script facile à éditer facilite le travail. |
| |
| Une fois les index créés, on va vers [[fetching_raw_data|l'obtention des fichiers de séquence bruts du projet]]. | Une fois les index créés, on va vers [[fetching_raw_data|l'obtention des fichiers de séquence brutes du projet]]. |
| ===== Procédure ===== | ===== Protocole ===== |
| |
| ==== Téléchargement des fichiers d'annotation ==== | ==== Téléchargement des fichiers d'annotation ==== |