Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:index_creation_main [2026/02/18 16:00] – [Création des index : usage de scripts pour SLURM] foisys
+++ fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:index_creation_main [2026/02/19 13:35] (Version actuelle) – [Création des index : usage de scripts pour SLURM] foisys
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 % cd hisat2_indexes/r49/interim_files
 # Il faut rediriger la sortie vers un fichier sinon ça sort sur STDOUT...
-% hisat2_extract_extract_exons.py /shares/data/annotations/gencode/r49/gencode.v49.annotation.gtf > ./gencode_r49_ss.txt
+% hisat2_extract_extract_exons.py /shares/data/annotations/gencode/r49/gencode.v49.annotation.gtf > ./gencode_r49_exons.txt
 % hisat2_extract_extract_splice_sites.py /shares/data/annotations/gencode/r49/gencode.v49.annotation.gtf > ./gencode_r49_ss.txt
 # Etape facultative: extraction des infos pour les variations génétiques
-# Dernière version disponible
+# Dernière version disponible des données UCSC
 % curl -L -O http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/snp151Common.txt.gz
 % gunzip snp151Common.txt.gz
-# Ici, le script est un peu plus exigeant... Ça prend plus de temps que les étapes précédentes.
+# Ici, le script est un peu plus exigeant... Ça prend plus de temps que les étapes précédentes mais ça se fait sur un RPi.
+# A la fin, vous avez un deux fichiers: un avec .haplotype et un autre .snp en suffixe avec gencode_r49_snp_haplo comme préfixe.
 % hisat2_extract_snps_haplotypes_UCSC.py /shares/data/annotations/gencode/r49/GRCh38.primary_assembly.genome.fa ./snp151Common.txt gencode_r49_snp_haplo
 </sxh>
+  * Ok, pour la suite, ça nous prend un serveur bien doté en mémoire vive et SLURM pour lancer cette tâche. Il nous faut écrire un script ''bash'' qui sera donner en entrée à l'application ''sbatch'' pour soumettre à l'ordonnanceur de tâches de SLURM. On doit écrire dans l'entête du script des instructions qui seront lues par l'ordonnanceur et qui permettront d'utiliser les bonnes ressources pour l'exécution. Le script qui suit est simplement un exemple capable de rouler sur ''rorqual''; une autre grappe nécessitera fort probablement des instructions différentes...
+  * Au minimum, on veut avoir dans l'index les informations pour les transcrits via les fichiers d'exons et de bordures exon-intron que nous avons construit ci-dessus. À l'aide de ''nano'', écrire le texte suivant:
+<sxh bash>
+Plus à venir...
+</sxh>
   * Plus à venir...