Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:index_creation_main [2026/02/18 16:00] – [Création des index : usage de scripts pour SLURM] foisys
+++ fr:impilopedia:genex:rnaseq:airway_project:index_creation_main [2026/02/18 16:05] (Version actuelle) – [Création des index : usage de scripts pour SLURM] foisys
@@ Ligne 72: / Ligne 72: @@
 % hisat2_extract_snps_haplotypes_UCSC.py /shares/data/annotations/gencode/r49/GRCh38.primary_assembly.genome.fa ./snp151Common.txt gencode_r49_snp_haplo
 </sxh>
+  * Ok, pour la suite, ça nous prend un serveur bien doté en mémoire vive et SLURM pour lancer cette tâche. Il nous faut écrire un script ''bash'' qui sera donner en entrée à l'application ''sbatch'' pour soumettre à l'ordonnanceur de tâches de SLURM. On doit écrire dans l'entête du script des instructions qui seront lues par l'ordonnanceur et qui permettront d'utiliser les bonnes ressources pour l'exécution. Le script qui suit est simplement un exemple capable de rouler sur ''rorqual''; une autre grappe nécessitera fort probablement des instructions différentes.
+  * À l'aide de ''nano'', écrire le texte suivant:
+<sxh bash>
+Plus à venir...
+</sxh>
   * Plus à venir...